工程審計是既嚴肅又繁瑣的工作，要求審計人員必須公正、仔細、認真、負責，在保護國家或者投資人的利益的同時也要讓承包方取得相應合法利潤。本著公平、公正、實事求是的精神，才能做好審計工作。
　　1．審計依據要明確
　　通常水利工程的審計，其依據主要有：
　　1）水利部的《水利基本建設項目竣工決算審計暫行辦法》
　　2）《基本建設財務管理若干規定》（財基字[1998]4號文）；
　　3）；《水利基本建設項目竣工財務決算編制規程》；
　　4）《企業會計準則》；
　　5）經審查批復的工程初步設計報告和批復文件；
　　6）工程竣工決算報告及工程結算書；
　　7）財務帳目表、帳薄、憑證等有關資料；
　　8）設計施工圖紙、設計修改通知書、監理工程師簽署的指令等合同文件；
　　9）其他有關規定。
　　2．審計方法要得當
　　要做好審計工作，必須有有效恰當的工作方法，審計的對象主要是工程投資，我們知道量是費的基礎，要想控制好工程投資費用，就必需要控制工程量的合理、真實準確（尤其是單價承包合同），其次是工程建設過程中所發生的新增單價的合理以及其他費用。
　　步驟如下
　　1）查看現場，熟悉工程情況；
　　2）熟讀概算審批文件和招投標文件，按照招標工程量清單與施工圖紙實施項目，對比決算工程項目內容，核對工程項目；
　　3）根據竣工決算報告查看設計施工圖紙、修改通知單、施工單位文件及監理工程師簽署的指令文件等，核對決算工程量；
　　4）按照合同的有關規定，核對標內工程單價，變更項目工程單價依據施工合同及有關規定認真審核；
　　5）依據《企業會計準則》和《基本建設財務管理財務若干規定》等財務制度，對其他項目（費用）進行審計。結合企業的實際情況，實施包括檢查會計記錄等我們認為必要的審計程序，并核對簽定的合同是否符合有關的法律法規，其支付是否嚴格按照國家財務制度和合同條款進行。
　　3．實例
　　3．1 工程概況
　　某工程是河口應急防護工程，于2001年1月4日，批準了該工程的初步設計，批準工程總概算為55，179，127．17元。工程建設資金來源為企業自行籌集。工程于2001年3月1日開工，2002年5月31日完工。
　　工程主要項目為：（1）消力池上游（0－130～0＋150）河床拋石、護底砼、兩岸砼護砌、草皮護坡及交通橋橋墩加固；（2）消力池至河口（0＋150～0＋230）池底砼和地下連續墻支護及兩岸砼護砌和草皮護坡。
　　河口應急防護工程分1個單位工程，8個分部工程，396個單元工程。土石方開挖量5．92萬m3，混凝土總量為2．43萬m3，石方填筑量4．32萬m3，鋼筋、鋼材882．39t。