藥品生產、經營、使用單位的人員取得《執業藥師資格證書》后即可向執業單位所在地區的執業藥師注冊機構申請辦理注冊手續。辦理同時須具備下列條件：①取得《執業藥師資格證書》；②遵紀守法，遵守職業道德；③身體健康，能堅持在執業藥師崗位工作；④經執業單位同意。
辦理時限: 首次注冊、再次注冊、注銷注冊20個工作日，變更注冊7個工作日
辦理程序: 申請人提出注冊申請-注冊機構受理出具受理證明-審核申請材料-復審申請-許可決定簽發注冊證書-送達
(1)首次注冊與再次注冊
執業藥師首次(再次)注冊應填寫《執業藥師首次(或再次)注冊申請表》，并按要求準備相關材料，交執業藥師注冊機構辦理注冊手續。注冊機構在受理申請人的注冊申請材料時，對于申請材料存在可以當場更正的錯誤，應允許申請人當場更正；對于申請材料不齊全或者不符合規定形式的，應當場(或者在5個工作日內)一次告知申請人需要補正的全部內容，逾期不告知的，自收到注冊申請材料之日起即為受理，并于20個工作日內做出是否注冊的決定，特殊情況可延長10個工作日。對于不予注冊的，需注明原因及日期，并向申請人出具加蓋本注冊機構專用印章的書面通知。準予注冊的，頒發《執業藥師注冊證》。
執業藥師注冊有效期為三年。持證者須在有效期滿前三個月到原執業藥師注冊機構申請辦理再次注冊手續。超過期限，不辦理再次注冊手續的人員，其《執業藥師注冊證》自動失效，并不能再以執業藥師身份執業。辦理再次注冊時，同時變更執業單位的，須提交新執業 單位合法開業證明。
首次注冊：《執業藥師首次注冊申請表》、《執業藥師資格證書》、身份證明復印件、近期一寸免冠正面半身照片3張、縣級以上(含縣)疾病預防控制機構出具的健康證明，執業單位合法開業的證明復印件等。
再次注冊：《執業藥師再次注冊申請表》、《執業藥師資格證書》、《執業藥師注冊證》、《執業藥師繼續教育登記證書》、近期一寸免冠正面半身照片3張、縣級以上(含縣)疾病預防控制機構出具的健康證明等。
(2)變更注冊與注銷注冊
執業藥師變更執業地區、執業單位、執業 范圍應及時辦理變更注冊手續，填寫《執業藥師變更注冊申請表》，并按要求準備相關材料，交執業單位所在地省級藥品監督管理部門 (變更執業地區的申請材料應交新執業單位所 在地省級藥品監督管理部門)辦理變更注冊手續。對于以上資料，注冊機構核對原件和復印件無誤后，應當將原件返還申請人。注冊機構應當自受理變更注冊申請之日起7個工作日內作出準予變更注冊的決定，收回原《執業藥師注冊證》，頒發新的《執業藥師注冊證》。變更執業范圍、執業地區、執業單位，注冊有效期不變。
執業藥師注冊后如有下列情況之一的，應予以注銷注冊：①死亡或被宣告失蹤的；②受刑事處罰的；③被吊銷《執業藥師資格證書》的；④受開除行政處分的；⑤因健康或其他原因不能從事執業藥師業務的；⑥無正當理由不在崗執業超過半年以上者；⑦注冊許可有效期 屆滿未延續的。注銷手續由執業藥師本人或其所在單位向注冊機構申請辦理。
變更注冊：《執業藥師變更注冊申請表》、《執業藥師資格證書》、《執業藥師注冊證》、近期一寸免冠正面半身照片3張、新執業單位合法開業的證明復印件等。
注銷注冊：《執業藥師注銷注冊申請表》、《執業藥師資格證書》、《執業藥師注冊證》等。
網上申報辦理程序：
為貫徹落實《行政許可法》提出的轉變政府管理模式，建設公正透明、廉潔勤政、高效便民的政府，實行政務公開、陽光審批，提高行政效能和政府公信力的要求，國家食品藥品監督管理部門于2008年1月運行執業藥師注冊管理網絡信息系統，實現執業藥師注冊行政許可項目的網上申報、網上審批、網上公告、網上監督。
執業藥師注冊網上申報辦理程序是：執業藥師登錄國家食品藥品監督管理總局執業藥師注冊網絡服務平臺(網址：//zyys.sfda.gov.cn/zyysweb/index.jsp)
網上填寫個人基本信息-->網上修改登錄密碼-->網上填寫申報表-->網上提交申報-->網上打印申報表-->攜帶審核材料到執業單位所在地注冊機構進行審核-->網上查詢審核狀態-->網上注冊許可公告-->到注冊機構領取證書。
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