執業藥師實行注冊制度，取得《執業藥師職業資格證書》者，應當通過全國執業藥師注冊管理信息系統向所在地注冊管理機構申請注冊。經注冊后，方可從事相應的執業活動。未經注冊者，不得以執業藥師身份執業。
執業藥師首次注冊需要提交以下材料：
申請注冊材料依據往年整理，各地所要求的可能不一樣，具體以當地發布的注冊通知要求為準。
1. 《執業藥師首次注冊申請表》一式兩份;
2. 《執業藥師資格證書》原件及復印件;
3. 身份證明原件及復印件;
4. 縣級(含)以上疾病預防控制機構出具的健康證明;
5. 近期一寸免冠正面半身照片3張;
6. 執業單位合法開業的證明復印件;
7. 取得《執業藥師資格證書》一年后申請注冊的，需提交《執業藥師繼續教育登記證書》;
8. 若申請注冊單位與考試所在單位不符，需考試所在單位離職證明。
9. 行政許可(行政確認)申請材料真實性保證聲明。
執業藥師注冊有效期為五年。需要延續的，應當在有效期屆滿三十日前，向所在地注冊管理機構提出延續注冊申請。
申請執業藥師注冊者，必須同時具備下列條件：
1. 取得《執業藥師資格證書》。
2. 遵紀守法，遵守藥師職業道德。
3. 身體健康，能堅持在執業藥師崗位工作。
4. 經所在單位考核同意。
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