為了保障考生合法權益，國家藥監局、人力資源社會保障部聯合修訂印發的《關于印發執業藥師職業資格制度規定和執業藥師職業資格考試實施辦法的通知》（國藥監人〔2019〕12號），對中專學歷設置了新舊制度過渡的銜接方案，過渡期截至2020年12月31日。
符合原人事部、原國家藥品監督管理局《關于修訂印發〈執業藥師資格制度暫行規定〉和〈執業藥師資格考試實施辦法〉的通知》（人發〔1999〕34號）要求的中專學歷（包括藥學類、中藥學類專業及相關專業）報考人員，都執行過渡期政策：取得藥學、中藥學或相關專業中專學歷，在藥學或中藥學崗位工作滿7年，在2020年12月31日前可報名參加考試。考試成績有效期按原34號文規定的2年為一個周期滾動管理，各科目成績有效期最遲截至2020年12月31日。
按照國家有關規定評聘為高級專業技術職務，且連續從事藥學或中藥學專業工作滿20年，符合原34號文中《執業藥師職業資格考試實施辦法》第五條規定的免考兩科條件的藥學或中藥學專業中專學歷的報考人員，在2020年12月31日前可繼續按免考兩科申請報名參加考試，其考試成績有效期按原34號文規定執行，須在一個考試年度內通過應試科目。在過渡期之后，中專學歷不再符合《執業藥師職業資格制度規定》報考條件，也就不能按免考兩科的方式申請參加執業藥師職業資格考試。
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