分子對接的一般原理

　　分子對接是將已知三維結構數據庫中的分子逐一放在靶標分子的活性位點處。通過不斷優化受體化合物的位置、構象、分子內部可旋轉鍵的二面角和受體的氨基酸殘基側鏈和骨架， 尋找受體小分子化合物與靶標大分子作用的構象， 并預測其結合模式、親和力和通過打分函數挑選出接近天然構象的與受體親和力的配體的一種理論模擬分子間作用的方法。

　　分子對接的種類主要包括：

　　(1)剛體對接：指在對接過程中，研究體系(受體和配體)的構象不發生變化。適合考察比較大的體系，如蛋白質和蛋白質間以及蛋白質和核酸之間的對接。

　　(2)半柔性對接：指在對接過程中，研究體系尤其是配體的構象允許在一定的范圍內變化。適合處理大分子和小分子間的對接，對接過程中，小分子的構象一般是可以變化的，但大分子是剛性的。

　　(3)柔性對接：指在對接過程中，研究體系的構象基本上可以自由變化的。一般用于考慮分子間的識別情況。由于計算過程中體系的構象可以變化，所以計算耗費。

　　分子對接的互補性

　　影響復合物分子穩定性的主要因素是疏水作用和鍵合力大小， Audie等建立了一種新的經驗自由能公式， 該方法能夠預測蛋白質鍵合力大小， 準確率達到89% 。而影響鍵合力的因素有作用位點空間位的互補、靜電相互作用和氫鍵等， 且溶解熵對穩定受體2配體復合物起著重要的作用， 所以分子對 接的過程主要包括分子間的空間互補和電學性質互補。空間互補是分子間發生相互作用的基礎， 能量互補是分子間保持穩定結合的基礎。

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