細菌這個名詞最初由德國科學家埃倫伯格（Christian Gottfried Ehrenberg， 1795-1876）在1828年提出，用來指代某種細菌。這個詞來源于希臘語βακτηριον，意為“小棍子”。
1866年，德國動物學家海克爾（Ernst Haeckel， 1834-1919）建議使用“原生生物”，包括所有單細胞生物（細菌、藻類、真菌和原生動物）。來源：考試大的美女編輯們
1878年，法國外科醫生塞迪悅（Charles Emmanuel Sedillot， 1804-1883）提出“微生物”來描述細菌細胞或者更普遍的用來指微小生物體。
因為細菌是單細胞微生物，用肉眼無法看見，需要用顯微鏡來觀察。1683年，安東。列文虎克（Antony van Leeuwenhoek， 1632–1723）最先使用自己設計的單透鏡顯微鏡觀察到了細菌，大概放大200倍。路易。巴斯德（Louis Pasteur， 1822-1895）和羅伯特。科赫（Robert Koch， 1843-1910）指出細菌可導致疾病。
