外貿企業辦理出口退稅的業務流程是：
（1）向商務主管部門取得進出口經營權；（2）取得一般納稅人資格；（3）向稅務機關退稅部門辦理出口退（免）稅開業認定；（4）購進貨物；（5）取得增值稅專用發票；（6）報關出口；（7）取得出口貨物報關單（出口退稅專用）；（8）作出口銷售收入；（9）收匯核銷；（10）憑有關單證申報退稅；（11）開具收入退還書；（12）取得退稅款。
（二）外貿企業申報退稅的主要單證、資料
外貿企業申報出口退稅，應向主管退稅機關附送或提供相關的單證、資料，這些單證資料包括原始憑證和申報表兩類。
申報出口退稅需附送或提供的主要原始憑證包括出口貨物報關單（出口退稅聯）、出口收匯核銷單（出口退稅專用聯）、增值稅專用發票（抵扣聯）等，對于委托其他外貿企業出口的，還應提供由受托方主管出口退稅的稅務機關簽章的“代理出口貨物證明”。根據出口退稅審核、審批的需要，有的外貿企業還需要提供出口貨物發票、出口貨物銷售明細賬以及主管退稅機關要求附送的其他原始憑證。
外貿企業申報退稅時，必須報送下列三種申報表：《出口貨物退稅進貨憑證申報明細表》、《出口貨物退稅申報明細表》和《外貿企業出口退稅匯總申報表》。對于實行電算化管理且采用分散錄入的外貿企業，在申報出口退稅時還需要報送申報軟盤。
（三）外貿企業出口退稅計算
1.外貿企業一般貿易出口貨物退還增值稅的計算
外貿企業出口貨物退還增值稅應依據購進貨物的增值稅專用發票所注明的進項金額和出口貨物對應的退稅率計算。
（1）外貿企業以及實行外貿企業財務制度的工貿企業收購貨物出口，其出口銷售環節的增值稅免征；其收購貨物的成本部分，因外貿企業在支付收購貨款的同時也支付了生產經營該類商品的企業已納的增值稅款，因此，在貨物出口后按收購成本與退稅稅率計算退稅退還給外貿企業，征、退稅之差計入企業成本。
外貿企業出口貨物增值稅的計算應依據購進出口貨物增值稅專用發票上所注明的進項金額和退稅稅率計算。
應退稅額＝外貿收購不含增值稅購進金額×退稅稅率
【例】某進出口公司2011年3月出口美國平紋布2000米，進貨增值稅專用發票列明單價20元／平方米，計稅金額40000元，退稅稅率13%，其應退稅額為：
2000 ×20 ×13% ＝5200（元）
（2）外貿企業收購小規模納稅人出口貨物增值稅的退稅規定
①凡從小規模納稅人購進持普通發票特準退稅的抽紗、工藝品等12類出口貨物，同樣實行銷售出口貨物的收入免稅，并退還出口貨物進項稅額的辦法。由于小規模納稅人使用的是普通發票，其銷售額和應納稅額沒有單獨計價，小規模納稅人應納的增值稅也是價外計征的，這樣，必須將合并定價的銷售額先換算成不含稅價格，然后據以計算出口貨物退稅。
對出口企業購進小規模納稅人特準的12類貨物出口，提供的普通發票應符合《中華人民共和國發票管理辦法》的有關使用規定，否則不予辦理退稅。
②凡從小規模納稅人購進稅務機關代開的增值稅專用發票的出口貨物，按規定的方法計算退稅。
（3）外貿企業委托生產企業加工出口貨物的退稅規定
外貿企業委托生產企業加工收回后報關出口的貨物，按購進國內原輔材料的增值稅專用發票上注明的進項金額，依原輔材料的退稅稅率計算原輔材料應退稅額。支付的加工費，憑受托方開具貨物的退稅稅率，計算加工費的應退稅額。
【例】某進出口公司2011年6月購進牛仔布委托加工成服裝出口，取得牛仔布增值稅專用發票一張，注明計稅金額10000元（退稅稅率13%），取得服裝加工費計稅金額2000元（退稅稅率17%），該企業的應退稅額：
10000×13%＋2000×17% ＝1640（元）
2.外貿企業進料加工復出口貨物退還增值稅的計算
進料加工是指有進出口經營權的企業，為了加工出口貨物而從國外進口原料、材料、輔料、元器件、配套件、零部件和包裝材料（以下統稱進口料件） ，加工貨物收回后復出口的一種貿易方式。進料加工貿易按進口料件的國內加工方式不同，可分為作價加工和委托加工兩種。
作價加工復出口貨物的退稅計算公式:
出口退稅額＝出口貨物的應退稅額－銷售進口料件的應抵扣稅額
銷售進口料件的應抵扣稅額＝銷售進口料件金額×復出口貨物退稅率－海關已對進口料件的實征增值稅稅額
式中，“銷售進口料件金額”是指外貿企業銷售進口料件的增值稅專用發票上注明的金額；“復出口貨物退稅率”是指進口料件加工的復出口貨物退稅率；“海關已對進口料件的實征增值稅稅額”是指海關完稅憑證上注明的增值稅稅額。
【例】某進出口公司2011年3月發生以下業務:
3月1日，以進料加工貿易方式進口一批玉米，到岸價格126萬美元，海關按85%的免稅比例征收進口增值稅20萬元。
3月5日，該公司以作價加工的方式銷售玉米給某廠加工擰橡酸出口。開具銷售玉米的增值稅專用發票，銷售金額1100萬元，稅額143萬元。
3月20日，收回該批玉米加工的擰橡酸，工廠開具增值稅專用發票，銷售金額1500萬元。
3月25日，該公司將加工收回的擰橡酸全部報關出口（外匯牌價1美元等于8元人民幣，玉米增值稅征稅稅率13%，擰橡酸出口退稅率13% ）。
計算上述業務應退稅額。
銷售進口料件的應抵扣稅額＝1100 × 13% －20 ＝123（萬元）
應退稅額＝1500 ×13% －123 ＝72（萬元）
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