監理工程師電子證書出來后可以注冊，符合條件的考生通過土建部、水利部、交通部網站進行專業注冊。
初始注冊者，可自監理工程師資格證書簽發之日起3年內提出申請。逾期未申請者，須符合繼續教育的要求后方可申請初始注冊。取得監理工程師資格證書的人員申請注冊，由省、自治區、直轄市人民政府建設主管部門初審，國務院建設主管部門審批。
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取得資格證書并受聘于一個建設工程勘察、設計、施工、監理、招標代理、造價咨詢等單位的人員，應當通過聘用單位向單位工商注冊所在地的省、自治區、直轄市人民政府建設主管部門提出注冊申請；省、自治區、直轄市人民政府建設主管部門受理后提出初審意見，并將初審意見和全部申報材料報國務院建設主管部門審批;符合條件的，由國務院建設主管部門核發注冊證書和執業印章。
省、自治區、直轄市人民政府建設主管部門在收到申請人的申請材料后，應當即時作出是否受理的決定，并向申請人出具書面憑證;申請材料不齊全或者不符合法定形式的，應當在5日內一次性告知申請人需要補正的全部內容。逾期不告知的，自收到申請材料之日起即為受理。
對申請初始注冊的，省、自治區、直轄市人民政府建設主管部門應當自受理申請之日起20日內審查完畢，并將申請材料和初審意見報國務院建設主管部門。國務院建設主管部門自收到省、自治區、直轄市人民政府建設主管部門上報材料之日起，應當在20日內審批完畢并作出書面決定，并自作出決定之日起10日內，在公眾媒體上公告審批結果。
申請初始注冊，應當具備以下條件：
(一)經全國注冊監理工程師執業資格統一考試合格，取得資格證書;
(二)受聘于一個相關單位;
(三)達到繼續教育要求;
(四)沒有本規定第十三條所列情形。
初始注冊需要提交下列材料：
(一)申請人的注冊申請表;
(二)申請人的資格證書和身份證復印件;
(三)申請人與聘用單位簽訂的聘用勞動合同復印件;
(四)所學專業、工作經歷、工程業績、工程類中級及中級以上職稱證書等有關證明材料;
(五)逾期初始注冊的，應當提供達到繼續教育要求的證明材料。
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