藥源性疾病約有200種，目前尚無統一的分類標準為使人們能找到共同的預防和治療措施，以藥源性疾病的發生機制為依據進行分類，則具有簡單實用的特點。

1、藥理作用相關類

用藥劑量決定病變損傷的嚴重程度，停止用藥或減小劑量則能部分改善或完全恢復正常。其發生常受各種藥動學及藥效學因素的影響，是藥源性疾病中最為常見的一類，發病率最高，了解藥物的藥理作用和作用機制，可以預測此類疾病。

2、與促進微生物生長相關類

廣譜抗生素等抗生藥物抑制或殺滅了體內特別是腸道內的敏感菌，使體內菌群平衡失調，導致耐藥菌過度生長，從而引發各種繼發的真菌感染及偽膜性腸炎等。此外，各種能抑制免疫反應的抗癌藥、糖皮質激素等，也能促進二重感染。本類疾病可以預測。

3、與化學刺激相關類

藥品的化學刺激作用決定于藥物及賦形劑的化學性質，化學刺激的嚴重程度則與藥物濃度有關，與藥理作用無關。例如口服藥引起的食道損傷、胃腸黏膜損傷，注射藥物引起的局部腫痛、靜脈炎;皮膚接觸藥物發生的皮炎、皮膚壞死。了解藥物的化學性質可以預測本類疾病。

4、與給藥方式相關類

這是一類因藥物特定方法而引起的疾病，其發生決定于藥物劑型的物理性質和給藥方式，與制劑成分的化學性質和藥理性質無關。改變劑型、改變給藥途徑則可不發生。如植入藥物引起的周圍組織炎癥或纖維化，口服藥片卡在咽喉部，靜脈注射藥液中的微粒所致血管栓塞，注射液污染微生物引起的感染等。

5、與撤藥相關類

這類疾病常發生于長期連續用藥而突然停止給藥或突然減小劑量后，再次用藥不但不會加重癥狀，而且會使病情得到改善或治愈。這類疾病與給藥時程有關，與給藥劑量無關，常見于那些精神依賴性、軀體依賴性或有反跳現象的藥物。例如苯二氮卓類、阿片類、β-受體阻斷劑及可樂定等。從藥理上是可以預測的。遠離毒品，可以防止吸毒成癮，也能證明這一論斷。

6、與遺傳代謝障礙相關類

本類疾病的特點是具有家族遺傳性，難以預測。如6-磷酸葡萄糖(G-6-PD)缺乏癥患者，服用氯喹、阿斯匹林、磺胺、維生素K等藥物，即使很小劑量，都可致急性溶血;而鐵血紅蛋白還原酶缺乏者服用上述藥物則發生高鐵血紅蛋白癥性紫紺;血漿膽堿酯酶缺乏癥患者，使用琥珀膽堿可致呼吸肌麻痹加重。呼吸停止時間延長等。

7、與藥物過敏相關類

本類疾病均與免疫應答的活化有關，與藥理作用無關，與劑量大小無關，是難于預測的。這是一類比較常見的藥源性疾病。如過敏性休克、過敏性皮疹、藥物熱、過敏性膽汁阻塞癥等。抗生素、解熱鎮痛藥及磺胺類是最常導致過敏反應的藥物。

8、與基因毒性相關類

有些藥物可損傷人類基因，導致細胞分化異常。如己烯雌酚、苯丁酸氮芥、環磷酰胺、右旋糖酐鐵、非那西丁、羥甲烯龍(康復龍)等可致癌;孕婦服用己烯雌酚、氯丙嗪、甲氨蝶呤、白消胺、安定、苯妥英鈉、阿司匹林、四環素及糖皮質激素等，可致嬰兒先天畸形。