注射用磷酸氟達拉濱可引起嚴重不良反應。約59%病人出現與劑量有關的骨髓抑制,包括貧血、血小板減少、中性白細胞減少和CD4+細胞缺乏。該不良反應是可以逆轉的,應定期測定外周血細胞數以防造血系統不良反應。其它不良反應有輕至中度的惡心和嘔吐(36%)、發熱(60%),疼痛(20%)、感染(33%)、寒戰、腹瀉,厭食、不適、藥疹、水腫、咳嗽、胰腺炎等。有時還會出現腫瘤溶解綜合征。可表現為胸痛、血尿、高尿酸血癥、高磷酸鹽血癥,低血鈣、高血鉀、尿酸鹽結晶尿癥、腎衰,可發生于治療的第一周,對那些有危險病人應采取預防措施。
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