企業研究開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，可以在計算應納稅所得額時加計扣除。其中，直接計入當期損益的，在據實扣除的基礎上，按研究開發費用的50%加計扣除；資本化處理后形成無形資產的，按照無形資產成本的150%攤銷。準確把握該項政策，并與現行企業所得稅其他政策有機結合，可以更好地發揮優惠政策的作用。
一、虧損企業也應積極申請加計扣除
根據稅法規定，企業納稅年度發生的虧損，可以用以后五個年度的所得彌補。虧損后轉彌補，可以抵減以后五年的應納稅所得額，以后年度不繳或少繳稅。在稅務管理中發現，部分企業由于研究開發新產品、新技術、新材料等活動投入較大產生虧損，并未積極申請加計扣除優惠政策，原因是其認為虧損狀態下申請加計扣除沒有必要。其實，這些企業只關注正常經營虧損后轉彌補的利益，卻忽視了加計扣除可以加大虧損，帶來更大的抵減效應?！秶叶悇湛偩株P于企業所得稅若干稅務事項銜接問題的通知》（國稅函[2009]98號）對原虧損企業加計扣除結轉抵扣政策進行了調整，規定加計扣除部分所形成的虧損可以用以后五年的所得彌補。加計扣除屬于稅法與會計核算不一致所產生的一項可抵減永久性差異。例如，某企業當年研究開發費用支出為200萬元，未加計扣除前的虧損額為500萬元，如果申請享受了加計扣除優惠，則虧損額擴大到600萬元（500＋200×50%），因加計扣除而增加了100萬元（200×50%）虧損額。因此，企業即使正常經營活動產生虧損，也應積極申請加計扣除，這樣可以抵減以后年度更多的應納稅所得額，從而減輕以后年度的所得稅負擔。
二、加計扣除優惠可與其他稅收優惠政策疊加使用
企業所得稅法中除了明確加計扣除優惠政策外，還設置了諸如高新技術企業低稅率優惠、加速折舊、技術轉讓所得減免等其他扶持企業自主創新、促進科技進步的稅收優惠政策。而且，為了充分發揮稅收優惠政策的調節作用，稅法還規定對于稅收優惠政策存在疊加時，企業無需選擇最優惠的政策，可以同時申請享受各類優惠政策。但部分企業缺乏統籌考慮，往往只選擇其中一項最優惠的政策執行，不能綜合應用有利于減輕稅收負擔的整體優惠政策，導致稅收負擔加重。特別是高新技術企業，其認定條件之一就是必須開展研究開發活動，產生一定金額的研究開發費用支出。但是部分高新技術企業只享受了15%的低稅率優惠，而不主動申請加計扣除優惠，從而多繳了稅款。以某高新技術企業為例，當年研究開發費用支出為200萬元，未加計扣除前的應納稅所得額為1000萬元，應納稅額為150萬元（1000×15%）；如果享受加計扣除優惠，由于增加扣除金額可以直接縮小稅基，在稅率不變的情況下，企業只需繳納所得稅135萬元［（1000－200×50%）×15%］。因此，當加計扣除優惠與其他優惠政策疊加時，企業應充分利用加計扣除優惠，從而獲取更多的稅收利益。
三、靈活處理征稅或不征稅收入
為了鼓勵企業研究開發高端技術項目，彌補國內產品、技術空白，國家對于部分企業從事的研究開發項目提供財政扶持資金，資助企業從事研究開發。根據《財政部國家稅務總局關于專項用途財政性資金有關企業所得稅處理問題的通知》（財稅[2009]87號）規定，對企業在2008年1月1日至2010年12月31日期間從縣級以上各級人民政府財政部門及其他部門取得的財政性資金，凡符合規定條件的，可以作為不征稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除。政策同時規定，不征稅收入用于支出所形成的費用，不得在計算應納稅所得額時扣除；用于支出所形成的資產，其計算的折舊、攤銷不得在計算應納稅所得額時扣除。企業在收到撥付的用于研究開發補助的財政性資金時，要根據實際情況靈活處理，綜合考慮加計扣除優惠，分析納入征稅收入還是不征稅收入哪種受益更大。例如，企業取得政府扶持研究開發的財政性資金400萬元，全部用于研究開發費支出，企業將財政性資金納入不征稅收入管理，當年應納稅所得額為1000萬元。如果企業將財政性資金作為征稅收入管理，在增加收入400萬元的同時，相應地增加扣除400萬元，則企業的應納稅所得額仍為1000萬元（1000＋400－400）。但是，由于400萬元用于研究開發費用的支出可申請加計扣除，則應納稅所得額減為800萬元（1000＋400－400－400×50%）。相比之下，財政性資金納入征稅收入更有利于該企業。
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