公路水運監理工程師與水利監理工程師不一樣。
公路水運監理工程師屬于交通運輸部管理的，報考的時候選擇交通運輸專業，考試的時候專業科目選擇水運專業作答；水運一般指水上交通相關的工程，如港口、航道、船閘、船舶等。
水利監理工程師屬于水利部管理，報考的時候選擇水利工程專業。水利一般指農田水利、河道整治、河流的防洪興利（水壩、電站、引水渠、航運）等。
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監理工程師專業注冊分類
監理工程師報名是分土木建筑工程專業、交通運輸工程專業和水利工程專業。取得資格證書后，每人可根據報名專業選擇對應專業注冊，每人最多可以申請兩個專業注冊。
| 報名專業 | 可注冊專業 | 主管部門 |
| 土木建筑工程 | 房屋建筑工程、冶煉工程、礦山工程、化工石油工程、水利水電工程、電力工程、農林工程、鐵路工程、公路工程、港口與航道工程、航天航空工程、通信工程、市政公用工程、機電安裝工程。 | 住房和城鄉保障部 |
交通運輸工程 （公路工程/水運工程） | 選擇注冊公路工程專業類別的，可以從道路與橋梁、隧道工程、公路機電工程3個注冊專業中，選擇注冊2個專業； 選擇注冊水運工程專業類別的，可以從港口工程、航道工程、水運機電工程3個注冊專業中，選擇注冊2個專業。 | 交通運輸部 |
| 水利工程 | 水利工程施工監理、水土保持工程施工監理、機電及金屬結構設備制造監理、水利工程建設環境保護監理四個專業。 | 水利部 |
土木建筑工程專業由住房和城鄉建設部負責；交通運輸工程專業由交通運輸部負責；水利工程專業由水利部負責。
