交通運輸工程監理工程師在申請辦理注冊專業時，根據當時報名考試的專業類別(公路工程、水運工程)及從事公路、水運工程監理相關工作，選擇確認注冊公路工程或水運工程專業類別。
監理工程師報名分為土木建筑工程、交通運輸工程、水利工程三個專業。住房和城鄉建設部、交通運輸部、水利部按專業類別分別負責監理工程師注冊及相關工作。
注冊監理工程師分專業，監理工程師職業資格考試專業科目分為土木建筑工程、交通運輸工程、水利工程3個專業類別，考生在報名時可根據實際工作需要選擇。其中，土木建筑工程專業由住房和城鄉建設部負責;交通運輸工程專業由交通運輸部負責;水利工程專業由水利部負責。
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1、住房和城鄉建設部牽頭組織，交通運輸部、水利部參與，擬定監理工程師職業資格考試基礎科目的考試大綱，組織監理工程師基礎科目命審題工作。
住房和城鄉建設部、交通運輸部、水利部按照職責分工分別負責擬定監理工程師職業資格考試專業科目的考試大綱，組織監理工程師專業科目命審題工作。
人力資源社會保障部負責審定監理工程師職業資格考試科目和考試大綱，負責監理工程師職業資格考試考務工作，并會同住房和城鄉建設部、交通運輸部、水利部對監理工程師職業資格考試工作進行指導、監督、檢查。
2、人力資源社會保障部會同住房和城鄉建設部、交通運輸部、水利部確定監理工程師職業資格考試合格標準。
3、住房和城鄉建設部、交通運輸部、水利部按照職責分工，制定相應監理工程師注冊管理辦法并監督執行。
4、住房和城鄉建設部、交通運輸部、水利部按專業類別分別負責監理工程師注冊及相關工作。
5、經批準注冊的申請人，由住房和城鄉建設部、交通運輸部、水利部分別核發《中華人民共和國監理工程師注冊證》(或電子證書)。
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交通運輸工程監理工程師在申請辦理注冊專業時，根據當時報名考試的專業類別(公路工程、水運工程)及從事公路、水運工程監理相關工作，選擇確認注冊公路工程或水運工程專業類別。
其中，選擇注冊公路工程專業類別的，可以從道路與橋梁、隧道工程、公路機電工程 3個注冊專業中，選擇注冊2個專業;選擇注冊水運工程專業類別的，可以從港口工程、航道工程、水運機電工程3個注冊專業中，選擇注冊2個專業。
