股指期貨的結算可以大致分為兩個層次：首先是結算所或交易所的結算部門對會員結算，然后是會員對投資者結算。不管那個層次，都需要做三件事情：
（1）、交易處理和頭寸管理，就是每天交易后要登記做了哪幾筆交易，頭寸是多少。
（2）、財務管理，就是每天要對頭寸進行盈虧結算，盈利部分退回保證金，虧損的部分追繳保證金。
（3）、風險管理，對結算對象評估風險，計算保證金。
其中第二部分工作中，需要明確結算的基準價，即所謂的結算價，一般是指期貨合約當天臨收盤附近一段時間的均價（也有直接用收盤價作為結算價的）。持倉合約用其持有成本價與結算價比較來計算盈虧。而平倉合約則用平倉價與持有成本價比較計算盈虧。對于當天開倉的合約，持有成本價等于開倉價，對于當天以前開倉的歷史合約，其持有成本價等于前一天的結算價。因為每天把賬面盈虧都已經結算給投資者了，因此當天結算后的持倉合約的成本價就變成當天的結算價了，因此和股票的成本價計算不同，股指期貨的持倉成本價每天都在變。
有了結算所，從法律關系上說，股指期貨不是在買賣雙方之間直接進行，而由結算所成為中央對手方，即成為所有買方的唯一賣方，和所有賣方的唯一買方。結算所以自有資產擔保交易履約。
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