盡管工程壽命周期成本分析法得到越來越廣泛的應用，但仍存在著局限性:

(1)假定項目方案有確定的工程壽命周期。在工程實踐中，由于技術進步或人們對工程產品的功能要求發生變化，使得工程壽命周期往往很難確定。因此，對于工程壽命周期的確定只有通過假設來預測，這樣，工程壽命周期的合理性和準確性就可能對其分析效果產生影響。

(2)在項目早期進行評價的準確性難以保證。為輔助決策，工程壽命周期成本分析必須在項目早期進行。但由于工程項目的建設期和運營期都較長，影響成本的因素眾多，在項目早期不可能預見到- -切變化，從而使工程壽命周期成本分析的準確性受到影響。

(3)工程壽命周期成本分析的高成本未必適用于所有項目。工程壽命周期成本分析是一項系統工程，涉及因素眾多，專業性、技術性強，分析成本也比較高，并不是所有的工程項目都適宜或必須進行工程壽命周期成本分析。