交通運輸工程監理工程師注冊分為初始注冊、延續注冊、變更注冊、注銷注冊等。注冊工作采用網絡在線方式進行，注冊的申請、受理、審核等工作統一在交通職業資格網上進行。

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初始注冊，是指取得資格證書后的首次注冊。初始注冊一般需在資格證書批準之日起1年內申請，初始注冊的有效期為4年。

延續注冊，是指注冊有效期滿后的再次注冊。延續注冊應在注冊有效期滿30日前，按照規定的程序申請注冊。延續注冊的有效期為4年。

變更注冊，是指在注冊有效期內，因交通運輸工程注冊監理工程師執業單位或執業單位名稱發生變更的注冊。變更注冊應按照規定的程序辦理變更注冊手續。變更注冊后延續原注冊有效期。

注銷注冊，是指在注冊有效期內，因交通運輸工程注冊監理工程師本人需要注銷注冊信息的注冊。注銷注冊須按照規定的程序提交申請。