(l)該工程的合同工期為240天。

　　根據《水利水電工程標準施工招標文件》（2009年版），除合同另有規定外，解釋合同的優先順序中，協議書優先于招標文件，因此，合同工期應按協議書中的工期為準。

　　(2)施工單位、設計單位的做法不妥。

　　根據《水利水電工程標準施工招標文件》（2009年版）的有關內容，工程變更可以由發包人、監理機構提出，也可以由設計單位或承建單位提出變更要求和建議，報經發包人或由發包人授權監理機構按工程承建合同文件規定審查和批準。工程變更指令由發包人或發包人授權監理機構審查、批準后發出。因此，施工單位向設計單位提出變更建議不符合規定，設計單位向施工單位發出設計修改文件也不符合規定。

　　(3)根據《水利水電工程標準施工招標文件》(2009年版)，變更需要調整合同價格時，按以下原則確定其單價或合價：

　　①本合同《工程量清單》中有適用于變更工作的項目時，應采用該項目的單價；

　　②本合同《工程量清單》中無適用于變更工作的項目時，則可在合理的范圍內參考類似項目的單價或合價作為變更估價的基礎，由監理人與承包人協商確定變更后的單價或合價；

　　③本合同《工程量清單》中無類似項目的單價或合價可供參考，則應由監理人與發包人和承包人協商確定新的單價或合價。

　　(4)A最合理。

　　根據《水利水電工程施工合同和招標文件示范文本》(GF_2000—0208)有關規定，工程量清單中無適用于變更工作的項目時，則可在合理的范圍內參考類似項目的單價或合價作為變更估價的基礎。A與“跨河公路橋基礎破碎巖石開挖”最為類似，因此認為A單價最為合理。

　　(5)檢驗費用支付申請和工期索賠不成立。

　　由于此事件是承包方施工質量不合格引起的。根據《水利水電工程標準施工招標文件》(2009年版)，由于承包方原因未能按合同進度計劃完成預定工作，承包方應采取趕工措施趕上進度。若采取趕工措施后仍未能按合同規定的完工日期完工，承包方除自行承擔采取趕工措施所增加的費用外，還應支付逾期完工違約金。

　　檢驗結果證明該材料或工程設備質量不符合合同要求，則應由承包方承擔抽樣檢驗的費用；檢驗結果證明該材料或工程設備質量符合合同要求，則應由發包方承擔抽樣檢驗的費用。

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