[分析]首先，我們需要搞清楚李某有無委托營業部從事期貨交易的法律事實。盡管李某與營業部簽訂了期貨經紀合同，辦理了開戶申請，并將200萬元匯入該期貨公司某營業部的賬戶內，但是，如果該期貨公司主張200萬元是李某委托該公司進行期貨交易的投資款，或者200萬元已經在期貨交易中虧損殆盡，必須出具李某委托該期貨公司進行期貨交易的證據材料，即李某委托該期貨公司下達的交易指令、李某在每日結算單上的簽字以及結算單上所記載的客戶盈虧、持倉及開平倉交易情況以及資金結余等。如果該期貨公司提供的憑證不足以證明有交易事實的存在，就可以排除李某有期貨交易的行為。
其次，在李某和營業部之間，是否形成了借貸關系。如果有借貸關系的存在，更能進一步反駁期貨公司主張200萬元虧損殆盡的事實。李某出具了王某提供的加蓋有該營業部結算專用章的《結算說明》，《結算說明》寫道：“原客戶李某初始資金為借款，不記作客戶保證金”。而且在每月的結算賬單上，都顯示有固定的3萬元利息回報，兩者相互印證，恰恰說明營業部向李某借款的事實，而且還能夠證明營業部實際履行了付息義務。作為該營業部的負責人，在借款協議書上還加蓋了營業部的公章，其行為應屬于履行職務相關的行為，依據《民法通則》第四十三條的規定：“企業法人對它的法定代表人和其他工作人員的經營活動，承擔民事責任。”因此，可以表明該期貨公司和李某之間已經形成了借貸關系，至于該公司其營業部工作人員是否違反其公司內部制度的規定，實屬公司內部的法律關系，由公司內部的制度來調整，但不能以此對抗善意第三人。
因此，基于李某和營業部之間的借貸關系已經形成，該期貨公司應向李某償還借款本金的責任。
第三，以期貨經紀公司客戶的名義匯入的保證金的性質是否可以轉化呢？這應視客戶的意思表示而定。本案中，若客戶以書面形式向營業部聲明其匯入的用于期貨交易的保證金改作借款提供給營業部，在沒有任何期貨交易行為的情況下，客戶是有權變更其資金用途的。
綜上所述，訂立了期貨經紀合同并不意味著就必然有期貨交易行為的發生，只有客戶履行了符合期貨交易規則的一系列法律行為，才有期貨交易法律后果的產生。
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