移倉換月問題
在期現套利的過程中，投資者一般使用近月合約與現貨構造期現套利組合。如果發現近月合約與滬深300指數價差大幅低于遠月合約與滬深300指數的價差，則可以將近月合約平倉，同時新賣出遠月合約，實現換月，鎖定更大的套利空間。例如：投資者已經使用近月合約與現貨構造期現套利組合，如果近月合約與滬深300指數價差為10點，而遠月合約與滬深300指數價差為70點，則投資者可以將近月合約平倉，兌現已獲得的利潤，同時賣出遠月合約，構造新的套利組合，鎖定更大的利潤。
在期現套利過程中，當出現有利的平倉機會或期貨合約到期日臨近時，投資者可以保持現貨組合不變，只將期貨合約進行移倉，這樣不僅兌現了當前期現套利利潤，形成新的套利組合，而且減少了現貨組合買賣所帶來的策略執行成本。但需要注意的是，使用現貨組合跟蹤指數存在跟蹤誤差，隨著時間的流逝，跟蹤誤差逐步增大，因此需要根據跟蹤誤差適時調整現貨組合，但調整頻率不宜太高，通常一季度調整一次為宜。
平倉問題
在進行期現套利的過程中，期貨價格與現貨價格最終會收斂。一旦在期貨合約到期前，期貨價格貼水于現貨價格，此時將套利組合進行平倉，鎖定利潤，與持有組合至到期相比，利潤更為豐厚。
跟蹤誤差問題
在使用股票組合或者ETF基金復制指數時，存在跟蹤誤差。跟蹤誤差具有兩面性，跑贏指數的誤差有利于投資者獲取超額收益，而未跑贏指數的誤差將會降低套利收益。長期看來，如果連續進行套利交易，跟蹤誤差對套利效果的影響不大。
指數復制問題
復制指數主要有兩種方式：一種是完全復制指數；另外一種是構造具有超額Alpha收益的股票組合。
使用ETF基金完全復制指數效果較好。由于ETF基金采用完全被動的指數化投資策略，管理費較低，操作透明度較高，可以讓投資者以較低的成本投資于一籃子標的指數成份股，所以投資者通常使用ETF基金來復制滬深300指數。目前市場上沒有以滬深300指數為標的的ETF基金，需要多只ETF基金來擬合滬深300指數。
具有較強選股能力的投資者可以構造具有超額Alpha收益的股票組合，在期現套利的過程中，不僅能夠獲得期現套利收益，還能夠獲得超額的Alpha收益。
