1．承包商提出付款申請
工程費用支付的一般程序是首先由承包商提出付款申請，填報一系列工程師指定格式的
月報表，說明承包商認為這個月他應得的有關款項，包括：①已實施的永久工程的價值；②工程量表中任何其他項目，包括承包商的設備、臨時工程、計日工及類似項目；③主要材料及承包商在工地交付的準備為永久工程配套而尚未安裝的設備發票價格的一定百分比；④價格調整；⑤按合同規定承包商有權得到的任何其他金額。承包商的付款申請將作為付款證書的附件，但它不是付款的依據，工程師有權對承包商的付款申請做出任何方面的修改。
2．工程師審核，編制期中付款證書
工程師對承包商提交的付款申請進行全面審核，修正或刪除不合理的部分；計算付款凈金額。計算付款凈金額時，應扣除該月應扣除的保留金、動員預付款、材料設備預付款、違約罰金等。若凈金額小于合同規定的臨時支付的最小限額，則工程師不需開具任何付款證書。
3．業主支付
業主收到工程師簽發的付款證書后，按合同規定的時間支付給承包商。實踐證明，通過對施工過程的各個工序設置一系列簽認程序，未經工程師簽認的財務報表無效，這樣做，充分發揮了經濟杠桿的作用，控制了項目實施過程中的費用支出。

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