需要說明的是，根據財企[2003]61號文，企業繳納的各項保險費，除應從“應付福利費”列支外，規定的列支渠道都是“成本（費用）”，而《企業會計制度》中人工費用的核算內容，只包括工資性支出和根據規定計算提取的應付福利費。所以，文件中從“成本（費用）”列支的社會保險費，實際上都應計入期間費用中的“管理費用”。
（二）執行《企業財務通則》的處理。2007年1月1日起施行的新《企業財務通則》第四十三條規定，已參加基本醫療保險、基本養老保險的企業，具有持續盈利能力和支付能力的，可以為職工建立補充醫療保險和補充養老保險，所需費用按照省級以上人民政府規定的比例從成本（費用）中提取。
這里我們要注意，修訂后的《企業財務通則》實施后，企業不再按照工資總額14%計提職工福利費。根據《財政部關于實施修訂后的有關問題的通知》（財企[2007]48號），截至2006年12月31日，企業應付福利費有賬面余額的，應繼續保留在賬面上按照原有規定使用，待結余使用完畢后，再按照修訂后的《企業財務通則》執行。也就是說，原來根據財企[2003]61號文在應付福利費中列支的各種保險費，仍應按原渠道列支，直至保留的應付福利費使用結束為止。《財政部關于企業新舊財務制度銜接有關問題的通知》（財企[2008]34號）進一步強調，補充養老保險的企業繳費總額在工資總額4%以內的部分，從成本（費用）中列支，但《企業財務通則》施行以前提取的應付福利費有結余的，符合規定的企業繳費應當先從應付福利費中列支。該文明確了實施修訂的《企業財務通則》后企業負擔的補充養老保險繳費比例，其比例上限與財企[2003]61號文一樣，都不得超過工資總額的4%，但列支渠道有所變化，即不再區分試點和非試點地區企業，只要應付福利費有余額，均應從應付福利費中列支，以后再統一從成本（費用）中列支。
（三）執行企業新會計準則的處理。《企業會計準則第9號—職工薪酬》（以下簡稱“職工薪酬準則”）將凡是與職工個人有關的支出全部納入職工薪酬進行確認、計量和報告，同時統一了職工薪酬的處理原則，除因解除與職工勞動關系給予職工的補償外，企業支付的職工薪酬應當根據職工提供服務的受益對象，分別計入產品或勞務等有關資產成本及期間費用。
企業執行新準則后，也不再按照工資總額14%計提職工福利費。《企業會計準則第38號—首次執行企業會計準則》應用指南規定，首次執行日企業職工福利費有余額的，應當全部轉入應付職工薪酬——職工福利。首次執行日后第一個會計期間，按照“職工薪酬準則”，根據企業實際情況和職工福利計劃確認應付職工薪酬——職工福利，該項金額與原轉入的應付職工薪酬——職工福利之間的差額調整管理費用。《上市公司執行新會計準則協調小組工作小組會議紀要（2007年第2期）》進一步強調了這一規定。
有觀點認為，已執行新準則的企業，如果同時屬于《企業財務通則》的適用范圍，在首次執行日職工福利費有余額的情況下，其補充養老保險、補充醫療保險的處理也應按財企[2007]48號文、財企[2008]34號文的規定處理，先在結轉后的“應付職工薪酬——職工福利”中列支，待該余額使用完以后，再根據新準則的相關規定處理。但是，根據“職工薪酬準則”，職工福利費與包括補充保險在內的各項保險費雖然同屬貨幣性職工薪酬，但后者具有明確計提標準，應當按照國務院有關部門或省級以上政府規定的標準計提，計提的各項保險費通過“應付職工薪酬——社會保險費”二級科目核算；職工福利費則無明確計提標準，企業應當根據歷史經驗和自身情況計算確定應付職工福利，計提的職工福利費通過“應付職工薪酬——職工福利”二級科目核算。因此，執行新準則的企業，無論首次執行日職工福利費是否有余額，兩項補充保險都不應在“應付職工薪酬——職工福利”科目中核算。財企[2007]48號文也明確，上市公司另有規定的，從其規定。
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