適用稅率和計稅基數變化
“營改增”試點前，營業稅以營業額為計稅基數計算應繳營業稅。“營改增”實施后，按相應的增值稅稅率或征收率計算應繳增值稅。應繳增值稅是按照銷項稅額減進項稅額來計算。增值稅的計稅基數無論是一般納稅人的銷項稅額和進項稅額，還是小規模納稅人都按不含稅價計算。企業需重新建立應繳稅金核算賬目，按增值稅計算方法核算應繳稅金，填制增值稅納稅申報表申報納稅。
對定價機制將產生影響
例如，某交通運輸業一項運輸業務收費為100元，試點前扣除3%的營業稅（暫不考慮其他附加稅費）后凈收入為97元。“營改增”后，如果定價仍為100元（含稅價），增值稅稅率為11%，企業所得的凈收入只有90.09元（100÷1.11%）。因此，“營改增”對企業定價機制將產生一定的影響，企業需對定價機制做相應調整。
對財務核算將產生影響
試點前，主營業務收入反映含營業稅的銷售收入，試點后主營業務收入反映的是不含增值稅的銷售收入，即使實際稅負變化不大，凈收益絕對額不受影響，企業的利潤率（利潤÷主營業務收入）也會上升。此外，增值稅不反映在損益表中，在賬務處理上也與現行營業稅不同，都會影響企業財務報表的數據結構。企業在進行核算分析、經營決策時，需重新審視其毛利率、凈利潤率等指標。
對發票使用管理將產生影響
增值稅專用發票相比營業稅服務業普通發票而言，管理與違法處罰的力度更大，因為其直接影響到企業對外提供服務產生的銷項稅額和對方的進項稅額，進而影響購銷雙方的應納稅額。我國刑法對增值稅專用發票的虛開、偽造、非法出售與違規使用行為都做了專門的處罰規定。
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