穿行測試是注冊會計師為了驗證以前程序獲取的有關內部控制信息而實行的程序，比如進一步了解銷售和收款循環的內部控制情況，注冊會計師會抽取幾筆銷售業務，檢查這幾筆業務在整個會計系統留下的有關原始憑證，從而能夠掌握相關內部控制的設計以及執行情況，但這其中在通常情況下并不涉及對內部控制有效性的確定。
重新執行是對內部控制程序重新過一遍，測試其是否得到有效執行，也就是說，不是檢查已有的憑證或記錄，而是會產生新的證據。比如注冊會計師按照被審計單位相關內部控制制度的規定，重新編制銀行存款余額調節表，來驗證相應內部控制是否有效運行。
兩者的區別如下：
（1）穿行測試主要是用在了解內部控制時使用，而重新執行主要是在控制測試程序中使用；
（2）重新執行是一項具體的審計程序，而穿行測試是多種審計程序的綜合運用。
從以上描述來看，重新執行主要是確定內部控制運行的有效性，而穿行測試主要是了解內部控制的流轉過程，并在這個流轉過程的了解中來掌握相關內部控制的具體情況。因此在了解內部控制的過程中，穿行測試是適用的，而重新執行并不適用，穿行測試也可以在控制測試中運用，但主要是在了解內部控制的過程中運用。
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