函證銀行存款時，注冊會計師應向被審計單位在本年度內存過款的所有銀行發函；
函證應收賬款時，注冊會計師不需要對被審計單位所有的應收賬款進行函證。一般情況下，賬齡長，金額大的應收賬款是注冊會計師必須向債務人函證的對象。
函證應付賬款時，注冊會計師根據需要進行函證，也可以不進行函證。對于選擇函證時，注冊會計師應選擇較大金額的債權人，以及那些在資產負債表日金額不大，甚至為零，但是作為企業重要供貨人的債權人，作為函證的對象。
（2）函證方式不同
函證銀行存款采用積極式詢證函；
函證應收賬款分為積極式函證和消極式函證兩種。
函證應付賬款最好采用積極函證方式。
（3）函證內容不同
銀行詢證函不僅詢證被審計單位在銀行的存款，還要函證借款。詢證費用可直接從被審計單位存款賬戶中收取；
企業詢證函不僅詢證被審計單位應收賬款，還要詢證預收賬款，且在詢證函中要說明函證僅為復核賬目之用，并非催款結算。
應付賬款函證內容就是應付的金額。
（4）函證的時間不同
應收賬款和銀行存款一般在期末或之后函證；而對應付賬款，在資產負債表日函證更有效。
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