金融企業債券投資的收益主要來自債券的利息收入和債券增值收入。利息收入是金融企業購買債券后，按照債券發行時確定利息率從債券發行人那里取得的收入。增值收入是資本增值收入，是指市場利率下降時，債券價格上升，金融企業將在較低價格購買的債券在市場上出售，買價與賣價之間的差額即為債券增值收入。金融企業持有某一債券的收益為其持有期間內分紅派息收入加上出售時的增值收入。
對于利息收入營業稅，要關注兩項政策。一是《國家稅務總局關于印發營業稅稅目注釋（試行稿）的通知》（國稅發[1993]149號）。該政策第三款規定，金融保險業本稅目的征收范圍包括“金融”和“保險”業務，“金融”業務是指經營貨幣資金融通活動的業務，包括貸款、融資租賃、金融商品轉讓、金融經紀業和其他金融業務。二是《國家稅務總局關于印發金融保險業營業稅申報管理辦法的通知》（國稅發[2002]9號，下稱9號文件），該政策第三章第五條規定，貸款是指將資金有償貸與他人使用（包括以貼現、押匯方式）的業務。以貨幣資金投資但收取固定利潤或保底利潤的行為，也屬于這里所稱的貸款業務。
根據以上文件，只要是金融企業購進的有價證券均屬于9號文件規定的貸款業務，購進的債券取得的利息收入就應繳納營業稅。其中，根據《國庫券條例》第十二條規定， 國庫券的利息收入享受免稅待遇，即國債利息收入免征營業稅。
對于債券買賣價差營業稅，要關注的政策很多。
《營業稅暫行條例》第五條規定，納稅人的營業額為納稅人提供應稅勞務、轉讓無形資產或者銷售不動產收取的全部價款和價外費用。但是，外匯、有價證券、期貨等金融商品買賣業務，以賣出價減去買入價后的余額為營業額。
《營業稅暫行條例實施細則》第十三條規定，條例第五條所稱價外費用，包括收取的手續費、補貼、基金、集資費、返還利潤、獎勵費、違約金、滯納金、延期付款利息、賠償金、代收款項、代墊款項、罰息及其他各種性質的價外收費。
《財政部、國家稅務總局關于營業稅若干政策問題的通知》（財稅[2003]16號，下稱16號文件）第三條第八款規定，金融企業從事股票、債券買賣業務以股票、債券的賣出價減去買入價后的余額為營業額。買入價依照財務會計制度規定，以股票、債券的購入價減去股票、債券持有期間取得的股票、債券紅利收入的余額確定。該條第九款規定，金融企業買賣金融商品，可在同一會計年度末，將不同納稅期出現的正差和負差按同一會計年度匯總的方式計算并繳納營業稅，如果匯總計算應繳的營業稅稅額小于本年已繳納的營業稅稅額，可以向稅務機關申請辦理退稅，但不得將一個會計年度內匯總后仍為負差的部分結轉下一會計年度。
通過以上規定，可以得出以下結論，金融企業股票、債券買賣業務計稅營業額的計算公式應為：金融企業股票、債券買賣業務的計稅營業額＝股票、債券的賣出價-（股票、債券的購入價-股票債券持有期間取得的股票、債券紅利收入）。
但是，16號文件第三條第八款所說“減去股票、債券持有期間取得的股票、債券紅利收入”，指的是企業購入債券后持有期間取得的債券利息收入，還是企業在購入債券時，實際支付的價款中包括的已到付息期但尚未領取的應單獨確認為應收項目的債券利息？我的理解應該是后者。因為目前債券交易在證券交易所交易采用的是凈價交易、全價結算的方式，買價和賣價均不含利息，跟企業的會計核算一致。
綜上所述，金融機構購進債券產生的利息收入和債券交易產生的買賣價差收入，除國債利息收入享受免稅待遇可免征營業稅外，其他均屬營業稅應稅范圍，均應按“金融保險業”稅目繳納營業稅。
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