完善招標文件的編制 
    招標文件作為整個招投標過程乃至于工程項目實施全過程的綱領性文件，既是投標人編制投標文件和參加投標的依據，也是評標定標的依據，同時還是簽訂合同所遵循的依據。一般情況下，投標人只能根據招標文件中的各項規定和要求，編寫投標文件。因此，編制出嚴謹、科學、完整、具有針對性、合理保護性的招標文件對避免日后的結算糾紛具有相當重要的作用。 
    招標文件一般包括工程情況綜合說明、招標范圍和要求、設計文件和圖紙、主要合同條款、評標辦法、工程量清單等主要內容。但有的單位編制的招標文件采用的業務概念不明確，文件條款自相矛盾，給日后的施工結算留下諸多隱患。如，招標文件規定了投標企業可結合市場情況和企業自身實力，自行確定優惠浮動幅度，確定投標總報價，并采用“固定價格、一次性包干”的合同類型，但又在相應條款規定“材料及人工價格按市造價管理部門發布的價格或指數調整合同價格”。但招標文件的合同形式卻采用固定單價合同，工程量按實結算的方式，實際結算也采用了按實結算的方法。再如，有的招標文件在工程施工技術要求總則中寫明投標人須充分考慮為滿足本工程施工技術要求所發生的各項費用，并列入投標報價中，結算不調。其中的細則寫到“投標人必須仔細閱讀圖紙，核對電纜橋架、線槽、配電箱、電氣設備等與其他專業，如，結構、建筑裝修、通風空調、給排水、消防、弱電、電梯是否在標高、尺寸、位置、留洞（套管）存在干擾或矛盾的地方，如果存在干擾、矛盾或遺漏、位置不對應等情況，必須于標前答疑會提出，否則施工中投標人不得拒絕變更。”而在結算時這些相關內容的簽證，在實際施工時得到監理代表及甲方代表的認可。 
    規范清單編制的格式 
    工程量清單是招標文件的核心內容，是合同訂立的依據之一，也是合同價款確認的依據。一般規定投標人對工程量清單不能做出修改，投標人只能根據清單項目特征的描述及圖紙的具體要求確定項目單價報價。深圳市的招投標工程，一般采用固定單價合同為計價方式，嚴格規定按照工程量清單中給出的分項工程量和工程特征計算價格，否則評標時會因為招標文件的相關規定將此標作廢標處理，因此，工程量清單項目特征的正確、合理描述，就顯得尤其重要。但是由于從業人員對清單編制的熟練和理解程度不同，技術綜合能力不強，使得一些應該明確的項目特征不明確，不需很明確的項目特征規定過于詳細，這些問題如果在招標文件中對此疏漏沒有約束性的條款，或在以后簽訂合同時不加以明確類似問題的處理專用條款，一旦施工過程中出現與清單中有關項目不符的情況，就會造成大量的簽證及變更，這些都會給工程結算留下發生糾紛的活口，同時這也會弱化招投標的競爭意義，不利于建設工程造價的投資控制。在存在分包工程和不常規工程時，專業技術人員更應該重視項目清單的設置、清單子目項目特征的描述及項目范圍的劃分。 
    重視專款的編寫 
    建設工程施工合同即建筑安裝工程承包合同，是發包人和承包人為完成商定的建筑安裝工程，明確相互權利、義務關系的合同。目前，深圳市一般建設工程施工合同的簽訂都采用合同示范文本，出現的主要問題是對專用條款的制定不夠重視、細致、完善，包括：合同條款的用語含糊，不夠準確，難以分清雙方的權利和責任；合同條款中存在漏洞；合同條款的用語模糊造成雙方對某些條款的理解不一致；有時合同條款的規定不嚴謹，不具備可操作性；合同的某些條款中隱含著較大的風險等等。這些在合同實施過程中，往往會成為糾紛的焦點。如，一個工程在合同不可抗力的條款中規定“持續降雨24小時且降雨量為200毫米以上”為不可抗力，但是一般城市的天氣報告中的降雨量比較籠統，即使是持續降雨，一個城市中不同的片區的降雨量都會不一樣，此條款的設置，操作尺度難以把握，引發糾紛也不以為奇。所以對于此類條款，應有符合實際的定量標準，要便于以后產生費用糾紛時調查取證。由此可見，施工單位不能為了得到工程項目，忽視合同相關條款的內容。如果當時施工單位能對文本內容認真理解，在專用條款上附設一些保護自身權益的內容。另外，施工現場條件的改變也是引發糾紛的一個多發點。所以在訂立合同前，對施工現場情況最好進行進一步的確認，不要認為招標文件的相關條款可以免除建設單位的某些責任，應盡量根據工作實際在專用條款中對通用條款進行了細化、補充或修改，切實維護雙方的正當權益。