由于指數(shù)期貨市場實行每日無負(fù)債結(jié)算制度，使得套利者必須承擔(dān)每日保證金變動風(fēng)險。當(dāng)保證金余額低于維持保證金時，投資者應(yīng)于下一營業(yè)日前補(bǔ)足至原始保證金水平，未補(bǔ)足者則開盤時以市價強(qiáng)制平倉或減倉。若投資者的保證金余額以盤中成交價計算低于維持保證金，期貨公司有權(quán)執(zhí)行強(qiáng)制平倉或減倉。
若套利者資金調(diào)度不當(dāng)，可能迫使指數(shù)期貨套利部位提前解除，造成套利失敗。因此，投資組合的套利時要保留一部分現(xiàn)金，以規(guī)避保證金追加的風(fēng)險。
2.純粹套利者與準(zhǔn)套利者共同競爭的風(fēng)險
套利者可依據(jù)是否持有現(xiàn)貨指數(shù)區(qū)分為純粹套利者和準(zhǔn)套利者兩種。準(zhǔn)套利者本身已擁有現(xiàn)貨部位，當(dāng)套利機(jī)會出現(xiàn)時，不用在市場上建立現(xiàn)貨頭寸，支付的套利成本較小。而純粹套利者則須在建立現(xiàn)貨部位上付出比較高的套利成本。因此，純粹套利者所面臨的價格區(qū)間相對于準(zhǔn)套利者來說更寬。這樣，對于有準(zhǔn)套利者參與的套利機(jī)會，純粹套利者處于不利地位，獲利難度較高。
3.流動性風(fēng)險
套利者在買賣現(xiàn)貨時若遇到現(xiàn)貨漲停或跌停而無法當(dāng)日買入或賣出時，則面臨延遲至第二個交易日交易的價格波動風(fēng)險。當(dāng)兩市流動性不一致時，同樣的交易量會引起期、現(xiàn)價格變化程度不一致。所以應(yīng)密切關(guān)注兩市流動性差異以及控制倉位。
4.股利發(fā)放不確定性風(fēng)險
指數(shù)期貨套利區(qū)間的計算中涉及到上市公司現(xiàn)金股息，但由于我國股市中股利發(fā)放時間不確定，因此在計算套利區(qū)間時必須考慮股息發(fā)放時間。
5.變動成本
沖擊成本和等待成本的準(zhǔn)確估計比較困難，它不僅取決于套利資金量的大小，與交易當(dāng)日市場流動性也有很大關(guān)系，變動成本的錯誤估計可能導(dǎo)致套利失敗。
6.跟蹤誤差
由于在用滬深300指數(shù)期貨合約套利時完全復(fù)制滬深300指數(shù)比較困難，而且復(fù)制成本較高。在用滬深300指數(shù)的替代現(xiàn)貨進(jìn)行套利時，要注意兩者在套利期間出現(xiàn)較大偏離的可能，如果在套利期間兩者出現(xiàn)較大偏離就可能導(dǎo)致套利失敗。
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