然而，重要的問題還不在此。重要的問題在于“參照系”中的成本怎樣確定？其中，影響最大的莫過于設備折舊。巴羅塔工程固定資產原值高達4370余萬美元，而總工期只有64個月。固定資產究竟應該在工程中攤銷多少？最初測算時，我們使用了有效利用小時折舊的辦法，即，按照設備供應商提供的設備耐用小時數和工程中預計的工作小時數來測算。結果是固定資產原值在合同工期中只能攤銷約60%。這就意味著工程完工以后，會剩下近2000萬美元設備殘值待處理。如果按照這個目標來做，最終豈不是"虛盈實虧"嗎？考慮到這個問題，在預算成本中增加了1000余萬美元的“補充折舊”，使最終的設備殘值降低至不到800萬美元。當時的想法是，這個數額應該是處理這一批二手設備的“底線”。如果實際變賣的值高于這個數，將增加工程的盈利。最終進入預算成本的設備折舊是3660余萬美元，占固定資產原值的84%，占工程直接成本的22.88%。

    與設備折舊相類似的還有一個資金占用問題。在預算中，我們列入了按比例返還總部的約1700萬美元的費用，包括保函費、貸款利息和總部管理費用。約占工程直接成本的10%。

    當時，我們并沒有意識到這種預算編制方法就是管理經濟學的“長期成本決策”法，這里使用的成本，就是管理經濟學中的“機會成本”。

    所謂"機會成本"是指：如果一項資源，既能用于本用途，又能用于其他用途（由于資源的稀缺性，如果用于甲用途就必須放棄其他其他用途），那么資源用于本用途的機會成本，就是資源用于其他的、被放棄的用途時本來可以得到的凈收入。 
 設備折舊的機會成本就是該設備期初和期末可變賣價值之差，資金的機會成本就是獲取這筆資金的融資成本及投資回報。

    管理經濟學引入“機會成本”的概念是源于這樣的理論基礎：在市場經濟條件下，企業管理決策的基本標準是“未來預期利潤收入現值總和最大化”。這種決策思想要求企業不但要關注帳面上的收益，而且特別要關注帳面上沒有、但卻是可能或應該取得的收益。這種決策思想考慮了收益的“時間價值”、體現了企業眼前利益和長遠利益相結合的原則。

    然而，按照這種辦法作出的“預算成本”卻有一個無法回避的問題：高于“投標報價”。巴羅塔項目按照上述預算編制辦法作出的結果是，預算成本比合同價要高近2400萬美元，幾乎相當于合同價的10%。編制了一個“虧損預算”，“項目預計虧損2400萬美元”，這顯然是一個讓人無法接受的結論。

    可是，當我們懂得了管理經濟學的理論以后，這個“讓人無法接受的結論”就容易理解了：這里的“虧損”是相對于“經濟利潤”而言的。“經濟利潤”是管理經濟學中另一個重要概念，經濟利潤等于“銷售收八與機會成本之差”。經濟利潤是企業資源優化配置的指示器：經濟利潤大于零，說明資源配置較優；反之，則說明資源配置不合理。由此可知，這里的“負數”只是說明巴羅塔（c-03）工程的資源配置不合理（這是工程的特殊性和承包商自身的特殊性造成的），只是說明這些資源用于本用途和用于更能盈利的其他用途之間的收益差，和用“會計利潤”反映的“虧損”是兩個不同的概念。換句話說，這里的“負數”是企業為了獲得這個工程帶來的其他收益而付出的代價。

    按照管理經濟學的理論，對于決策來說，資源配置不合理并不意味著一定不能接受。因為管理決策盡管要以利潤多少為標準，但還必須兼顧其他目標，比如開拓市場的需要、企業取得某種資質的需要等，因此得到的往往不是最多的利潤，而是滿意的利潤，即企業決策的目標不是最優解，而是滿意解。 

由此可見，要運用管理經濟學進行長期成本決策，最重要的是必須懂得“經濟利潤”和“會計利潤”、“機會成本”和“會計成本”的區別，實現觀念上的轉變。

 還有一個問題是：“預算成本”并不等于“目標成本”。預算成本只是反映了管理的條件，而目標成本則是規定了管理的要求。比如這個項目的預算成本是-2400萬美元，但我們確定的目標成本是“項目持平”。也就是說，這個相對于“經濟利潤”的2400萬美元缺口，要求在項目實施過程中補回來。顯然，如果這個目標成本實現了，就意味著在投標時放棄的一部分“經濟利潤”通過合同實施補回來了，也可以說是項目經理為公司盈利2400萬美元。