隨著公共財政制度的改革，各地普遍實行了會計集中核算制度。即設立會計核算中心負責行政事業單位的所有帳務核算工作，行政事業單位內部不再設帳及會計人員，只配備一名報帳人員負責本單位日常報帳和會計中心的聯系工作。但由于會計核算中心與被核算單位在空間上、經濟活動上的脫離，它只能通過行政事業單位提供的票據，、憑證等進行會計核算，無法對經濟活動的真實性、核算內容的完整性負責。而以往作為會計責任主體的行政事業單位，因為不再承擔核算職責，也不再承擔一定的會計責任。當出現虛假會計信息，遺漏核算事項時，或在其他財務管理方面出現問題時，就存在因會計責任不清而相互推諉的現象。
　　對進入會計集中核算的單位審計時，在審計問題的定性上，與傳統的會計核算形式不同，有些會計責任的問題則涉及到了會計核算中心。對此，我們認為審計人員應從以下三個方面把握劃分：
　　（一）財務收入的真實性、合規合法性及財務支出的真實性由被審計單位負責。因為財務收入的資金來源是否正當、有無問題，會計核算中心不一定清楚，各個單位的資金除了本級財政預算安排外，還有上級補助收入、事業收入、罰沒收入、其他收入等。會計核算中心不一定全面了解，每一筆財務支出的真實性，會計核算中心并不掌握。會計核算中心只能鑒別票據的真偽，而該件事情的真實與否，應由被審計單位負責。對此類問題應在對被審計單位出具審計報告及審計決定書中反映。
　　（二）會計核算業務的正確與否應由會計核算中心負責。因為會計核算中心的主要職責是代理有關單位記帳，進行會計核算。故會計核算上的問題應由會計核算中心負責。發現此類問題，應向會計核算中心出具審計建議書。
　　（三）財務收支的合規性、合法性及有關票據的真偽由被審計單位和會計核算中心共同負責。因為會計核算中心也有會計監督職能，同時也有一定的審批權限職能。支出是否合規、合法以及票據的真偽，除單位（報帳員）審核把關外，會計核算中心也有監督、審批職能。這方面經查實的問題，兩者都有責任。應區分責任向被審計單位出具審計結論的同時，向會計核算中心及有關部門出具審計建議書或審計移送處理書。

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