2001年3月30日，中國證券登記結算有限責任公司成立，原上海證券交易所和深圳證券交易所所屬的證券登記結算公司重組為中國證券登記結算有限責任公司的上海分公司和深圳分公司，這標志著全國集中、統一的證券登記結算體制的組織構架已經基本形成。
（一）證券登記結算公司的設立條件
第一，自有資金不少于人民幣2億元。
第二，具有證券登記、存管和結算服務所必須的場所和設施。
第三，主要管理人員和從業人員必須具有證券從業資格。
第四，國務院證券監督管理機構規定的其他條件。
（二）證券登記結算公司的職能
1.證券賬戶、結算賬戶的設立和管理。
2.證券的存管和過戶。
3.證券持有人名冊登記及權益登記。
4.證券交易所上市證券交易的清算、交收及相關管理。
5.受發行人委托派發證券權益。
6.辦理與上述業務有關的查詢、信息、咨詢和培訓服務。
7.國務院證券監督管理機構批準的其他業務，如為證券持有人代理投票服務等。
（三）證券登記結算制度
1.證券實名制。
2.貨銀對付的交收制度。貨銀對付俗稱“一手交錢，一手交貨”，是指在證券登記結算機構與結算參與人在交手過程中，當且僅當資金交付時給付證券、證券交付給付資金。貨銀對付原則是證券結算的一項基本原則，可以將證券結算中的違約交收風險降低到最低程度。我國上市證券的集中交易主要采用凈額結算方式。
3.分級結算制度和結算參與人制度。
在分級結算制度下，只有獲得證券登記結算機構結算參與人資格的證券經營機構才能直接進入登記結算系統參與結算業務。通過對結算參與人實行準入制度，制訂風險控制和財務指標要求，證券登記結算機構可以有效控制結算風險，維護結算系統安全。
4.凈額結算制度。
全額結算是指交易雙方對所達成的交易實行逐筆清算，并逐筆轉移證券和資金；凈額結算是指交易雙方對所有達成的交易實行軋差清算，并對軋抵之后的證券和資金的凈額進行交付。目前，我國對證券交易所達成的多數證券交易均采取多邊凈額結算方式。
5.結算證券和資金的專用性制度。
證券登記結算公司按照業務規則收取的各類結算資金和證券，必須存放于專門的清算交收賬戶，只能按業務規則用于已成交的證券交易的清算、交收，不得被強制執行。
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