1、兩者概念的區別：
①“股權轉讓”是公司股東依法將自己的股東權益有償轉讓給他人，使他人取得股權的民事法律行為，最終會導致股東發生變化。例如某公司的股東甲某將擁有該公司的全部股權50萬元轉讓給乙某，那么該公司注冊資本不變，只是股東的構成發生了變化。
②“投資企業撤回或減少投資”，則專指投資企業通過清算、退股方式從被投資單位撤回或減少長期股權投資。例如2010年A、B、C三家公司各出資500萬成立甲公司，甲公司的注冊資本為1500萬元。如果2011年5月A公司撤回投資，不考慮其他因素的情況下，則甲公司的注冊資本由原先的1500萬元變為1000萬元，股東由三個變為兩個，即B、C兩家公司；如果2011年5月A公司通過退股的方式減少投資300萬元，則股東組成不變，注冊資本變為1200萬元。
2、兩者計算的區別：
①股權轉讓所得：《國家稅務總局關于加強非居民企業股權轉讓所得企業所得稅管理的通知》（國稅函〔2009〕698號）規定，股權轉讓所得是指股權轉讓價減除股權成本價后的差額。
股權轉讓價是指股權轉讓人就轉讓的股權所收取的包括現金、非貨幣資產或者權益等形式的金額。如被持股企業有未分配利潤或稅后提存的各項基金等，股權轉讓人隨股權一并轉讓該股東留存收益權的金額，不得從股權轉讓價中扣除。股權成本價是指股權轉讓人投資入股時向中國居民企業實際交付的出資金額，或購買該項股權時向該股權的原轉讓人實際支付的股權轉讓金額。
例如：2010年3月A公司購入B公司股權1000萬，2012年5月A公司將擁有B公司股權的80%以1200萬元的價格出售，那么A公司的股權轉讓所得為400萬元（1200—1000*80%）。
②投資企業從被投資企業撤回或減少投資，其取得的資產中，相當于初始出資的部分，應確認為投資收回；相當于被投資企業累計未分配利潤和累計盈余公積按減少實收資本比例計算的部分，應確認為股息所得；其余部分確認為投資資產轉讓所得。
例如：2008年A公司出資500萬元投資B公司，占B公司總注冊資本的30%。2011年3月經股東會決議，A公司撤回投資，A公司分得資金800萬元，截至2011年3月B公司累計未分配利潤和累計盈余公積350萬元。因此A公司分得的800萬元分為三部分：500萬元為投資收回；股息所得105萬元（350×30%）；投資資產轉讓所得195萬元（800－500－105）。
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