從代建制試點至今，各地都進行了許多有益的探索，但由于國家尚未頒布相應的管理辦法，在代建項目實施過程中面臨的一些問題還沒有明確的法律依據，各地在實踐探索中對代建制的理解不同，對政府投資項目管理體制改革目的缺乏深入的認識，從而在代建制的做法及操作上出現了一些問題，值得業內人士思考。
　　難題一：代建制法律地位
　　我國目前尚無適應于項目代建制的法律、法規及操作細則。由于法律法規沒有對代建人授予相應的法律地位，代建合同的主體和主體之間的關系不清晰，代建人在履行代建職能時，難以正確地把握工作的范疇和職責。代建人在國家基本建設程序中沒有法律授予的地位，因此，客觀上無法得到各級政府和建設相關管理、備案部門的認可，實際操作過程中遇到很多困難，如施工驗收相關表格上就沒有代建單位簽署意見的欄目。雖然各方面已經給予了一些變通和處理方式，但實際上仍必須是建設方(有時為使用方)出面進行各項手續辦理，導致代建工作效率低下。因此現階段應盡快出臺代建人在國家基本建設程序中作為建設方(有時為使用方)的法律文件，明確代建人在項目等代建期間應有的法律地位和其責任、權力、義務等；同時應該賦予其相應的權力，使代建人全面負責項目建設全過程的組織管理，更好地發揮其作用，達到我國對非經營性政府投資項目推行“代建制”的目的。
　　難題二：代建人的定位
　　代建人是被委托人還是承包人這個問題必須加以明確，這涉及到代建各方責權利的劃分。在民法中，“代理”是指代理人在代理范圍內，以被代理人的名義或自己的名義獨立與第三人進行民事行為，由此產生的法律效果直接或間接歸屬被代理人的法律制。民法所解釋的代理的特征之一是：代理所產生的法律效果是由委托方承擔的。而在代建制中，代建人接受業主即投資方的委托，承擔建設項目全過程的管理工作，在此過程中產生的民事責任是由代建方承擔的，這與民法中規定的代理的含義相違背，|考試大|因此有人認為“代”解釋為“代理”是不合理的，代建人是以承包人的身份出現在代建活動中。
     被委托人和承包人完全是兩個概念，代建是基于委托代理理論發展而來的，但由于一方面代建制度的相關規定現在基本由計劃投資部門即發改委為主在推動，另一方面項目管理和監理又是由建設行政主管部門在推動，造成代建制向項目管理靠攏時出現實際的操作困難。盡管代建機構作為項目法人的制度設計與現行的法律環境還存在一定矛盾，但是代建制還是應該屬于委托代理范疇的。代建制是一種管理模式，具體說來就是由誰來管理工程。針對具體的代建合同而言，業主將工程項目管理工作委托給代建單位，代建單位完成委托任務，并得到相應的報酬，這是比較完整意義上的委托代理；對代建制是否屬于委托代理關系的爭論焦點在于：代建人在工程建設過程中承擔風險。委托代理的特征之一是代理人在授權范圍內獨立工作并且不承擔由此產生的后果。而現在為了保證投資效果，對代建人責任賠償有具體的規定：如果代建人在建設過程中擅自變更建設內容、擴大建設規模、提高建設標準，致使工程延長、投資增加或工程質量不合格，所造成的損失或投資增加額一律從代建人的銀行履約保函中補償；履約保函金額不足的，相應扣減項目代建管理費；項目代建管理費不足的，由建設實施單位用自有資金支付。但是按照委托代理理論，在委托人缺乏監督或委托人無力監督的情況下，代理人都可能發生追求自身利益而背離委托人利益的行為，引發委托代理問題。為了取得代理效果，都將面臨一個共同的難題，即解決非對稱信息下的代理人激勵問題和制約問題。結合工程的特點和慣例，可將代建人的風險問題看作是對委托代理問題的解決手段。或者可將代建人風險問題看作是代建人的違約處理。就代建合同本身的風險而言，代建制還是可以看作是委托代理范疇的。
     難題三：代建企業的市場準入
     目前“代建制”處于起步階段，設立專門的代建資質的條件還不成熟，國家目前還沒有相對統一的“代建制”管理辦法，部分省、市在出臺有關暫行規定或管理辦法。現階段的代建企業由下面三種單位轉化而來：一是由原來政府部門負責基本建設的人員組建而成，并在各自系統開展代建業務；二是由投資咨詢、造價咨詢、建設監理、招標代理等咨詢單位拓展業務來從事代建業務；三是由具有總承包資質的勘察設計和施工單位轉變而來。
     從試點情況看對應代建開展業務也主要有這么三種情況：全過程代建、建設期代建和分工代建。針對代建企業的組建和代建業務開展的現狀，建議代建業務應市場化，政府推出代建市場，這樣利于政企分開，轉變政府職能，避免貪污腐敗的發生；建議代建服務范圍應選擇建設項目全過程代建。應由建設行政主管部門盡快根據是否具有建設項目全過程管理的能力或業績、注冊資本金、技術力量制定代建制企業資質標準。通過資質標準把好市場準入關，避免現在不具備全過程管理條件的招標代理、造價咨詢、建設監理等企業搖身一變成為代建企業，這樣做不僅達不到推行代建制的初衷，還會導致社會資源的浪費。
     難題四：代建費用及代建招投標
     按照《財政部關于切實加強政府投資項目代建制財政財務管理有關問題的指導意見》(財建[2004]300號)中規定：建設單位自行確定項目代建單位和政府設立(或授權)產生的代建單位，其代建管理費按不高于基建財務制度規定的項目建設單位管理費標準嚴格核定；政府招標產生的項目代建單位，其代建管理費標底由同級財政部門比照基建財務制度規定的建設單位管理費標準編制。很多地方建設單位管理費還要在建設單位和代建單位之間分配，按現在建設單位|考試大|管理費取費標準執行(相當于總投資的0.8～1.8%)計算，代建單位取得的代建費用在總投資的1%左右與監理取費相當.代建管理費標準偏低同時，按《非經營性政府投資項目代建制管理暫行辦法》的要求代建企業還要提供總額度為工程概算投資的3～10%履約擔保，這種投資收益與投資風險的責任不對稱，嚴重挫傷了代建人的積極性，不利于吸引優秀企業參與代建。
     如果代建制準入門檻過低，在采取招標形式選擇代建單位時，必然又會導致代建費用的惡性競爭，從而步上建設監理制度的老路。建議盡快制定代建取費標準，并在招投標時不以代建費為主要評價標準，以代建單位的類似業績和信譽、項目經理、擬投入的項目管理機構的人員組成(團隊) 、財務能力、代建方案等各種綜合因素評標。