1、基差風險。基差是指1股票現貨指數價格與最近月份指數期貨價格之價差，套期保值交易效果常常受基差變動的影響，基差風險是影響套期保值交易效果的主要因素。理論上，基差具有收斂性，隨著到期日接近，現貨指數與指數期貨價格漸趨一致，但如果保值期與期貨合約到期日不一致，存在基差風險。對于采取對股指期貨合約進行滾動保值策略的投資者而言，則存在合約展期所出現的不利價格變化風險。
2、交叉套期保值風險。如果要保值的資產與股指期貨標的指數走勢并不完全一致，則存在交叉保值風險。股票組合的市場風險度量的是組合的系統風險，可以進行對沖，而非系統風險則不能對沖。股票組合的非系統風險，并不隨交割期臨近而趨向于0。如果組合相對于滬深300(3292.128,0.00,0.00%)指數的β值過高或過低、以及β值的時變性，存在一定程度的交叉套期保值風險。因此，投資者首先應對個股的β值進行分析，通常對β值比較接近于1的股票所構成的組合進行套期保值。
3、逐日結算風險。由于股指期貨交易實行保證金交易和逐日結算制度，因此一旦出現不利變動，投資者可能被要求將保證金補足到規定的水平。如果資金周轉不足，可能無法及時補足保證金而被強行平倉，套期保值策略由此落空，虧損可能更嚴重。
4、期現市場交易規則的差異風險。由于股指期貨市場采取T＋0交易制度，而目前股市采取的是T+1交易制度。投資者的指數套利交易可能會出現現貨頭寸不能當日對沖的問題，從而導致套利成本的增加乃至套利交易的失效。
