基金管理人合規部門的合規檢查主要包括機構設置、交易制度、員工管理等各個方面是否符合相關規定，是對法律法規和公司制度落實情況的檢查。

　　其中包括:(1)公平交易制度建設及執行情況，檢查公平交易分析的方法及其有效性，是否存在違反公平交易的行為;公司管理的旗下不同性質基金賬戶之間，是否遵循了公平交易原則。

　　(2)公司員工特別是投資、研究人員及其配偶、利害關系人的證券投資活動管理制度是否健全有效，是否存在利用基金未公開信息獲取利益的情況。

　　(3)基金公司投資決策的依據，以及公司的規定和投資決策流程是否有被突破。比如按照規定，每家基金公司基金經理的權限都有一定授權，在實際操作中，基金經理的授權是否有被突破，基金經理的買賣是否突破了股票庫的管理。

　　(4)重大關聯交易的執行情況，檢查基金管理人運用基金財產買賣基金管理人、基金托管人及其控股股東、實際控制人或者與其有其他重大利害關系的公司發行的證券或承銷期內承銷的證券，或者從事其他重大關聯交易的，是否遵循基金份額持有人利益優先的原則，是否存在利益輸送的情況，是否履行信息披露義務等。

　　(5)公司是否獨立運作;股東會、董事會、監事會是否有效制衡;董事、監事是否按照相關法律法規和公司章程的規定履行職責，特別是獨立董事是否獨立、客觀、公正地發表意見;公司相關會議的原始會議記錄及會議紀要是否真實、準確、完整，是否按規定存檔。

　　(6)風險管理制度是否涵蓋了不同風險控制環節;是否涵蓋了對各類產品、業務的各類風險的管理;是否涵蓋了基金運作及公司日常管理主要的業務風險，特別是投資風險、后臺運營風險和信息技術系統風險等;是否建立了有效的子公司業務風險管理制度和母子公司業務防火墻制度、關聯交易制度等，防范可能出現的風險傳遞、利益沖突和利益輸送。

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