證券交易所是依據國家有關法律，經政府證券主管機關批準設立的集中進行證券交易的有形場所。在我國有二個：上海證券交易所和深圳證券交易所。兩個交易所的區別如下：
成立時間的不同：上海證券交易所于1990年11月26日由人民銀行批準成立，同年12月19日正式開業；深圳交易所于1989年11月15日籌建，1990年12月1日開始試營業，1991年4月11日由人民銀行批準成立，并與同年7月3日正式開業。
上市代碼的不同：上交所股票代碼都以601或者600開頭，深交所都以000、002或者300開頭，其中000開頭的是主板，002開頭是中小板，300開頭的是創業板。
競價方式的不同：
上海證券交易所規定，采用競價交易方式的，每個交易日的9:15——9:25為開盤集合競價時間，9:30——11:30、13:00——15:00為連續競價時間。
深圳交易所規定，采用競價交易方式的，每個交易日的9:15——9:25為開盤集合競價時間，9:30——11:30、13:00——14:57為連續競價時間,14:57——15:00為收盤集合競價時間。
過戶費收費標準的不同：從2012年6月1日起，上交所A股交易過戶費的收費標準為按成交面額的0.075%向買賣雙方投資者分別收取，其中中國結算公司上海分公司收取0.0375&，結算參與人留存0.0375%
深交所過戶費包含在交易經手費中，不向投資者單獨收取。從2012年6月1日起，深交所收取的交易經手費為按交易額的0.0087%收取，中國結算公司深圳分公司收取過戶費0.00255%
對于B股，雖然沒有過戶費，但是中國結算公司要收取結算費，上交所的結算費是成交額的0.05%，深交所稱為結算登記費，是成交額的0.05%，但是最高不超過500港元
接受大宗交易時間的不同：
上交所為每個交易日9:30——11:30、13:00——15:30
深交所為每個交易日9:15——11:30、13:00——15:30
收盤價的不同：上交所的收盤價為當日該證券最后一筆交易前1分鐘所有交易的成交量加權平均價
深交所的收盤價通過集合競價的方式產生，收盤價集合競價不能產生收盤價或未進行收盤集合競價的，以當日該證券最后一筆交易前1分鐘所有交易的成交量加權平均價為收盤價。
就目前來看大盤股一般在上海證券交易所上市,中小盤股一般在深圳證券交易所上市. 有關證券市場的配置問題，證監會表達了滬深兩市各有側重，共同發展的目標。大中型公司比較傾向于選擇上海證券交易所。因為上海證券交易所以大盤股為主，而深圳證券交易所則以小盤股為主，尤其重視中小企業板塊。
