(二)備料款的扣回
備料款的扣款方式案例常見的為：從未施工工程尚需的主要材料及構件的價值相當于備料款數額時起扣，從每月結算的工程價款中按材料比重抵扣工程價款，竣工前全部扣清。其起扣點公式：
備料款起扣點=工程價款總額—預付備料款限額／主要材料所占比重。
還有一種是在完工期前三個月將預付款總額按逐次分攤的方式扣回。
三、進度款的支付（中間結算）  
   承包單位在項目建設過程中，按逐月完成的分部分項工程量計算各項費用，在月末提出工程價款結算賬單和已完工程月報表，向發包單位辦理中間結算，收取當月的工程價款。當工程價款撥付累計額達到該項目工程造價的95~97％時，停止支付，作為尾款和保修期用，在辦理竣工決算時一并清算。
(一）中間結算的具體步驟如下。 
 (1)根據每月所完成的工程量依照合同計算工程款。 
 (2)計算累計工程款。若累計工程款沒有超過起扣點，則根據當月工程量計算出的工程款即為該月應支付的工程款；若累計工程款已超過起扣點，則應支付工程款的計算公式分別為 
  累計工程款超過起扣點的當月應支付工程款
當月完成工作量-（截止當月累計工程款-起扣點）*主要材料所占比重 
  累計工程款超過起扣點的以后各月應支付的工程款=
當月完成的工作量*（1-主要材料所占比重）
(3)工程尾款的扣除，應按題目中所給出的條件或要求計算。一般有兩種方式：最后一次扣清和從第一次支付開始按月逐步扣除。
國家工商行政管理總局、建設部頒布的《建設工程施工合同》示范文本中對工程進度款支付做了如下詳細規定：  
  ○1工程款(進度款)在雙方確認計量結果后14天內，發包方應向承包方支付工程款(進度款)。按約定時間發包方應扣回的預付款，與工程款(進度款)同期結算。 
  ○2符合規定范圍的合同價款的調整，工程變更調整的合同價款及其他條款中約定的追加合同價款，應與工程款(進度款)同期調整支付。    
  ○3發包方超過約定的支付時間不支付工程款(進度款)，承包方可向發包方發出要求付款通知，發包方收到承包方通知后仍不能按要求付款，可與承包方協商簽訂延期付款協議，經承包方同意后可延期支付。協議須明確延期支付時間和從發包方計量結果確認后第15天起計算應付款的貸款利息。    
  ○4發包方不按合同約定支付工程款(進度款)，雙方又未達成延期付款協議，導致施工無法進行，承包方可停止施工，由發包方承擔違約責任。