答案：
　　1．合營(yíng)企業(yè)協(xié)議中，有以下內(nèi)容不合法：
　　(1)注冊(cè)資本占投資總額的比例不正確，注冊(cè)資本應(yīng)占投資總額的1／2以上，注冊(cè)資本不應(yīng)少于450萬(wàn)美元。
　　(2)注冊(cè)資本中外方出資的比例不合法，外方認(rèn)繳出資額只占注冊(cè)資本的15％(60÷400)；法律規(guī)定，中外合資經(jīng)營(yíng)企業(yè)中，外方的出資比例不應(yīng)低于注冊(cè)資本的25％。
　　(3)出資時(shí)間的規(guī)定錯(cuò)誤，各方合營(yíng)者應(yīng)伺期、同步、按比例交付出資．第一期的出資時(shí)間和比例錯(cuò)誤。分期出資的，合營(yíng)各方第一期出資不得低于各自認(rèn)繳出資額的15％，并且自營(yíng)業(yè)執(zhí)照頒發(fā)之日起3個(gè)月內(nèi)交清。外方最后一期出資的時(shí)間不正確，法律規(guī)定，合營(yíng)企業(yè)注冊(cè)資本為300萬(wàn)～1000萬(wàn)美元，在分期出資情況下，各方投資者的最后一期出資必須自營(yíng)業(yè)執(zhí)照簽發(fā)之日起3年內(nèi)繳清。
　　2．對(duì)爭(zhēng)議的解決，應(yīng)按中外合資經(jīng)營(yíng)企業(yè)法的規(guī)定處理。
　　(1)外方私自向第三方轉(zhuǎn)讓出資錯(cuò)誤。法律規(guī)定，合營(yíng)一方向第三方轉(zhuǎn)讓其全部或部分出資的，須經(jīng)合營(yíng)他方同意，并報(bào)審批機(jī)構(gòu)批準(zhǔn)，向登記機(jī)關(guān)辦理變更登記手續(xù)。
　　(2)外方關(guān)于合營(yíng)企業(yè)不設(shè)總會(huì)計(jì)師的觀點(diǎn)錯(cuò)誤，合營(yíng)企業(yè)應(yīng)設(shè)總會(huì)計(jì)師，協(xié)助總經(jīng)理負(fù)責(zé)企業(yè)的財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)工作。
　　(3)此次董事會(huì)無(wú)效。因?yàn)楸仨氂?／3以上的董事提議，方能召開(kāi)臨時(shí)董事會(huì)；且應(yīng)有2／3以上的董事出席會(huì)議．合營(yíng)企業(yè)修改公司章程須經(jīng)出席會(huì)議的董事一致通過(guò)方為有效。在以上方面，此次會(huì)議均未達(dá)到法定的比例標(biāo)準(zhǔn)要求。另外，董事會(huì)會(huì)議的簽字手續(xù)錯(cuò)誤。公司法規(guī)定，應(yīng)經(jīng)出席會(huì)議的董事及董事會(huì)秘書(shū)簽字后存檔，監(jiān)事會(huì)主席無(wú)須簽字。
　　3．外方的要求中，以下方面錯(cuò)誤
　　(1)外方擬定每年先行收回投資的支出部分計(jì)入合作企業(yè)成本錯(cuò)誤。外方合作者只有在合作企業(yè)的虧損彌補(bǔ)后，方能收回投資。表明合作企業(yè)的外方合作者只能用企業(yè)利潤(rùn)先行收回投資，而不能計(jì)入成本。
　　(2)合作期滿，固定資產(chǎn)歸中方投資者所有的處理方式錯(cuò)誤。凡約定外方合作者在合作期內(nèi)先行收回投資的，合作期滿后，合作企業(yè)的固定資產(chǎn)應(yīng)無(wú)償歸中方投資者所有。
　　（三）甲有限責(zé)任公司以制造業(yè)為主，于2004年3月5日取得企業(yè)法人營(yíng)業(yè)執(zhí)照后，遇到一系列問(wèn)題：
　　1、由于管理人員沒(méi)到位，公司未能正常經(jīng)營(yíng)，4月10日收到當(dāng)?shù)囟悇?wù)機(jī)關(guān)通知責(zé)令其限期辦理稅務(wù)登記，公司認(rèn)為尚未開(kāi)展經(jīng)營(yíng)業(yè)務(wù)，無(wú)須納稅。被稅務(wù)機(jī)關(guān)處以2000元罰款，逾期仍未辦理納稅申報(bào)，稅務(wù)機(jī)關(guān)建議工商部門(mén)收回營(yíng)業(yè)執(zhí)照，無(wú)奈只好辦理稅務(wù)登記。
　　2．公司正常運(yùn)轉(zhuǎn)，估計(jì)年銷售額將達(dá)到3000萬(wàn)元，應(yīng)符合增值稅一般納稅人標(biāo)準(zhǔn)，但不知道能否直接申請(qǐng)?jiān)鲋刀愐话慵{稅人認(rèn)定手續(xù)。
　　3．由于公司沒(méi)經(jīng)營(yíng)，暫將稅務(wù)登記證租給一個(gè)體工商戶使用2個(gè)月，獲租金3000元。
　　4．公司于2004年9月承接一項(xiàng)工程，其部分工程轉(zhuǎn)包給乙方經(jīng)營(yíng)，轉(zhuǎn)包經(jīng)營(yíng)額500萬(wàn)元，稅務(wù)機(jī)關(guān)要求甲公司對(duì)該部分轉(zhuǎn)包工程款扣繳25萬(wàn)元營(yíng)業(yè)稅，并在10天內(nèi)繳納，甲公司認(rèn)為乙方也是具有獨(dú)立法人地位的公司，應(yīng)由乙方交納，與甲公司無(wú)關(guān)，逾期仍未理睬。
　　5．到年底，該公司經(jīng)理不知道是否該進(jìn)行企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)，因?yàn)楣窘衲?0月才開(kāi)業(yè)．經(jīng)營(yíng)還不到一年。
　　6．甲公司擬與外商乙共同投資設(shè)立中外合資經(jīng)營(yíng)企業(yè)。投資總額3400萬(wàn)美元，分期出資，甲公司控股20％。甲公司不知道自己何時(shí)交納第一期出資較好，第一期出資至少應(yīng)交多少。
　要求：根據(jù)稅收征收管理法、流轉(zhuǎn)稅、企業(yè)所得稅法和外商投資企業(yè)法的規(guī)定，回答以下問(wèn)題
　　1．稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)甲公司處罰并建議工商部門(mén)收回甲公司營(yíng)業(yè)執(zhí)照是否正確?
　　2．甲公司能否直接申請(qǐng)為增值稅一般納稅人?
　　3．甲公司出借稅務(wù)登記證，拒絕扣繳轉(zhuǎn)包工程的營(yíng)業(yè)稅是否正確?應(yīng)如何處理?
　　4．甲公司是否應(yīng)辦理年終所得稅納稅申報(bào)?
　　5．甲公司應(yīng)于何時(shí)交納第一期出資?第一期出資至少應(yīng)交多少?
　　答案：
　　1．稅務(wù)部門(mén)的處罰及處理方法正確。稅法規(guī)定，公司自取得營(yíng)業(yè)執(zhí)照之日起，30天內(nèi)持有關(guān)證件向稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)辦理稅務(wù)登記。逾期不申報(bào)的，稅務(wù)機(jī)關(guān)責(zé)令其限期改正，可以處以2000元以下罰款，情節(jié)嚴(yán)重的處以2000元以上1萬(wàn)元以下罰款，逾期仍不改正的，提請(qǐng)工商機(jī)關(guān)吊銷營(yíng)業(yè)執(zhí)照。
　　2．可以直接辦理增值稅一般納稅人認(rèn)定手續(xù)。該企業(yè)以制造業(yè)為主，預(yù)計(jì)年銷售額超過(guò)小規(guī)模納稅人標(biāo)準(zhǔn)，符合一般納稅人認(rèn)定條件，應(yīng)在辦理稅務(wù)登記時(shí)同時(shí)申請(qǐng)辦理一般納稅人認(rèn)定手續(xù)。
　　3．甲公司出租稅務(wù)登記證，應(yīng)承擔(dān)違反稅收管理的責(zé)任，稅務(wù)機(jī)關(guān)可對(duì)其處以2000元以上1萬(wàn)元以下的罰款，情節(jié)嚴(yán)重的處以1萬(wàn)元以上5萬(wàn)元以下的罰款，并沒(méi)收非法所得。
　　甲公司拒絕扣繳營(yíng)業(yè)稅，屬于扣繳義務(wù)人違反稅法的行為，對(duì)工程轉(zhuǎn)包的，總承包人甲公司為法定扣繳義務(wù)人，因稅務(wù)機(jī)關(guān)責(zé)令其限期改正而逾期仍不改正，稅務(wù)機(jī)關(guān)可以采取強(qiáng)制執(zhí)行措施追繳其未扣繳的稅款，并可以處以未扣繳稅款50％以上5倍以下的罰款。
　　4．甲公司年終必須辦理所得稅納稅申報(bào)，企業(yè)所得稅法規(guī)定，企業(yè)在1個(gè)年度中間開(kāi)業(yè)的，以實(shí)際經(jīng)營(yíng)期為1個(gè)納稅年度申報(bào)納稅。
　　5．投資總額為3400萬(wàn)美元，則設(shè)立的合營(yíng)企業(yè)注冊(cè)資本不少于1200萬(wàn)美元。中方出資總額為240萬(wàn)美元，第一期出資不少于36萬(wàn)美元．自營(yíng)業(yè)執(zhí)照頒發(fā)之日起3個(gè)月內(nèi)交清。