答案：
　　1．合營企業(yè)協(xié)議中，有以下內容不合法：
　　(1)注冊資本占投資總額的比例不正確，注冊資本應占投資總額的1／2以上，注冊資本不應少于450萬美元。
　　(2)注冊資本中外方出資的比例不合法，外方認繳出資額只占注冊資本的15％(60÷400)；法律規(guī)定，中外合資經營企業(yè)中，外方的出資比例不應低于注冊資本的25％。
　　(3)出資時間的規(guī)定錯誤，各方合營者應伺期、同步、按比例交付出資．第一期的出資時間和比例錯誤。分期出資的，合營各方第一期出資不得低于各自認繳出資額的15％，并且自營業(yè)執(zhí)照頒發(fā)之日起3個月內交清。外方最后一期出資的時間不正確，法律規(guī)定，合營企業(yè)注冊資本為300萬～1000萬美元，在分期出資情況下，各方投資者的最后一期出資必須自營業(yè)執(zhí)照簽發(fā)之日起3年內繳清。
　　2．對爭議的解決，應按中外合資經營企業(yè)法的規(guī)定處理。
　　(1)外方私自向第三方轉讓出資錯誤。法律規(guī)定，合營一方向第三方轉讓其全部或部分出資的，須經合營他方同意，并報審批機構批準，向登記機關辦理變更登記手續(xù)。
　　(2)外方關于合營企業(yè)不設總會計師的觀點錯誤，合營企業(yè)應設總會計師，協(xié)助總經理負責企業(yè)的財務會計工作。
　　(3)此次董事會無效。因為必須有1／3以上的董事提議，方能召開臨時董事會；且應有2／3以上的董事出席會議．合營企業(yè)修改公司章程須經出席會議的董事一致通過方為有效。在以上方面，此次會議均未達到法定的比例標準要求。另外，董事會會議的簽字手續(xù)錯誤。公司法規(guī)定，應經出席會議的董事及董事會秘書簽字后存檔，監(jiān)事會主席無須簽字。
　　3．外方的要求中，以下方面錯誤
　　(1)外方擬定每年先行收回投資的支出部分計入合作企業(yè)成本錯誤。外方合作者只有在合作企業(yè)的虧損彌補后，方能收回投資。表明合作企業(yè)的外方合作者只能用企業(yè)利潤先行收回投資，而不能計入成本。
　　(2)合作期滿，固定資產歸中方投資者所有的處理方式錯誤。凡約定外方合作者在合作期內先行收回投資的，合作期滿后，合作企業(yè)的固定資產應無償歸中方投資者所有。
　　（三）甲有限責任公司以制造業(yè)為主，于2004年3月5日取得企業(yè)法人營業(yè)執(zhí)照后，遇到一系列問題：
　　1、由于管理人員沒到位，公司未能正常經營，4月10日收到當?shù)囟悇諜C關通知責令其限期辦理稅務登記，公司認為尚未開展經營業(yè)務，無須納稅。被稅務機關處以2000元罰款，逾期仍未辦理納稅申報，稅務機關建議工商部門收回營業(yè)執(zhí)照，無奈只好辦理稅務登記。
　　2．公司正常運轉，估計年銷售額將達到3000萬元，應符合增值稅一般納稅人標準，但不知道能否直接申請增值稅一般納稅人認定手續(xù)。
　　3．由于公司沒經營，暫將稅務登記證租給一個體工商戶使用2個月，獲租金3000元。
　　4．公司于2004年9月承接一項工程，其部分工程轉包給乙方經營，轉包經營額500萬元，稅務機關要求甲公司對該部分轉包工程款扣繳25萬元營業(yè)稅，并在10天內繳納，甲公司認為乙方也是具有獨立法人地位的公司，應由乙方交納，與甲公司無關，逾期仍未理睬。
　　5．到年底，該公司經理不知道是否該進行企業(yè)所得稅年度納稅申報，因為公司今年10月才開業(yè)．經營還不到一年。
　　6．甲公司擬與外商乙共同投資設立中外合資經營企業(yè)。投資總額3400萬美元，分期出資，甲公司控股20％。甲公司不知道自己何時交納第一期出資較好，第一期出資至少應交多少。
　要求：根據(jù)稅收征收管理法、流轉稅、企業(yè)所得稅法和外商投資企業(yè)法的規(guī)定，回答以下問題
　　1．稅務機關對甲公司處罰并建議工商部門收回甲公司營業(yè)執(zhí)照是否正確?
　　2．甲公司能否直接申請為增值稅一般納稅人?
　　3．甲公司出借稅務登記證，拒絕扣繳轉包工程的營業(yè)稅是否正確?應如何處理?
　　4．甲公司是否應辦理年終所得稅納稅申報?
　　5．甲公司應于何時交納第一期出資?第一期出資至少應交多少?
　　答案：
　　1．稅務部門的處罰及處理方法正確。稅法規(guī)定，公司自取得營業(yè)執(zhí)照之日起，30天內持有關證件向稅務機關申報辦理稅務登記。逾期不申報的，稅務機關責令其限期改正，可以處以2000元以下罰款，情節(jié)嚴重的處以2000元以上1萬元以下罰款，逾期仍不改正的，提請工商機關吊銷營業(yè)執(zhí)照。
　　2．可以直接辦理增值稅一般納稅人認定手續(xù)。該企業(yè)以制造業(yè)為主，預計年銷售額超過小規(guī)模納稅人標準，符合一般納稅人認定條件，應在辦理稅務登記時同時申請辦理一般納稅人認定手續(xù)。
　　3．甲公司出租稅務登記證，應承擔違反稅收管理的責任，稅務機關可對其處以2000元以上1萬元以下的罰款，情節(jié)嚴重的處以1萬元以上5萬元以下的罰款，并沒收非法所得。
　　甲公司拒絕扣繳營業(yè)稅，屬于扣繳義務人違反稅法的行為，對工程轉包的，總承包人甲公司為法定扣繳義務人，因稅務機關責令其限期改正而逾期仍不改正，稅務機關可以采取強制執(zhí)行措施追繳其未扣繳的稅款，并可以處以未扣繳稅款50％以上5倍以下的罰款。
　　4．甲公司年終必須辦理所得稅納稅申報，企業(yè)所得稅法規(guī)定，企業(yè)在1個年度中間開業(yè)的，以實際經營期為1個納稅年度申報納稅。
　　5．投資總額為3400萬美元，則設立的合營企業(yè)注冊資本不少于1200萬美元。中方出資總額為240萬美元，第一期出資不少于36萬美元．自營業(yè)執(zhí)照頒發(fā)之日起3個月內交清。