1.與其他章節犯罪的法條競合問題。如叛逃罪與軍人叛逃罪;泄露國家秘密罪與泄露軍事秘密;擅離、玩忽軍事職守罪與玩忽職守罪;阻礙執行軍事職務罪與阻礙軍人執行職務罪等。
2.本章之罪的主體是現役軍人。
3.武器裝備肇事罪，與過失致人死亡罪、重大責任事故罪、交通肇事罪、過失爆炸罪等的區別。是否在武器裝備的維修、管理、使用中或者在作戰、訓練的過程中。
4.盜竊、搶奪武器裝備、軍用物資罪及其與盜竊搶奪槍支、彈藥、爆炸物罪和貪污罪的區別。 來源：考試大
如阻礙執行軍事職務罪與妨害公務罪、阻礙軍人執行職務罪，區別在于主體不同。還有如擅離、玩忽軍事職守罪與玩忽職守罪;軍人叛逃罪與叛逃罪;非法獲取軍事秘密罪;為境外竊取、刺探、收買、非法提供軍事秘密罪;故意泄露軍事秘密罪;過失泄露軍事秘密罪與其他的涉密犯罪，區別也在于主體不同。本章之罪的主體限于軍人，并且屬于特別規定，優先適用。
這個罪名涉及與相當多的犯罪的界限問題。如過失致人死亡罪、過失爆炸罪、危險物品肇事罪、交通肇事罪等。如果是軍人在武器裝備維修、管理過程中，或者在軍事訓練、執行任務過程中，因使用武器裝備不當造成事故的，如人身傷亡、財產損失的，應按照本罪定罪處罰。如坦克軋死人了，或者軍用拖車軋死人了，這是什么罪?能定交通肇事罪、過失致人死亡罪嗎?不能，是武器裝備肇事罪。再如，保養武器擦槍時或者站崗放哨時，違反規定走火打死人了，應當定本罪，不能定過失致人死亡罪。還如，在軍事訓練的過程中，武器裝備火炮、手榴彈等發生爆炸，就不要定過失爆炸罪。如果違反規定有過失的，只能定武器裝備肇事罪。 來源：考試大的美女編輯們
但是，如果軍人私自攜帶槍支出營房(區)、回家探親時，玩耍槍支過失致人死亡的，應當定過失致人死亡罪，因為這與其職務行為無關。還有，軍車在公共道路上違反公共道路交通規則肇事的，應當定交通肇事罪。
注意本罪的幾個界限：
(一)與盜竊罪、搶奪罪的區別
要點是對象不同。如果軍人盜竊、搶奪武器裝備、軍用物資以外的物品，數額較大，構成盜竊罪或者搶奪罪。 來源：考試大
(二)與盜竊、搶奪槍支、彈藥、爆炸物罪的區別
要點是對象不同。如果軍人盜竊、搶奪的是武裝部隊的槍支、彈藥、爆炸物的，以盜竊、搶奪槍支、彈藥、爆炸物罪論處。可見，本罪的對象實際是除槍支、彈藥、爆炸物以外的武器裝備、軍用物資。 來源：考試大
(三)與貪污罪的界限
如果軍人利用職務上的便利侵吞、竊取、騙取武器裝備、軍用物資，符合貪污罪特征的，認定為貪污罪。這里所稱的武器裝備、軍用物資同樣不包括槍支、彈藥、爆炸物。
刑法第449條規定，在戰時，對被判處3年以下有期徒刑沒有現實危險宣告緩刑的犯罪軍人，允許其戴罪立功，確有立功表現時，可以撤銷原判刑罰，不以犯罪論處。1.適用于戰時;2.適用于軍人;3.戴罪立功，而不是一定期限的考驗;4.不以犯罪論，不是原判刑罰不再執行。
一般以“戰時”為要件。
其中戰時拒絕、逃避征召、軍事訓練罪，戰時拒絕、逃避兵役罪，是典型的不作為犯，行為人構成該罪的，且屬于純正不作為犯。
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