證券公司內部控制是證券公司為實現經營目標，根據經營環境變化，對證券公司經營與管理過程中的風險進行識別、評價和管理的制度安排、組織體系和控制措施。中國證監會于2003年12月15日修訂發布《證券公司內部控制指引》。
（一）內部控制的目標
1.保證經營的合法合規及證券公司內部規章制度的貫徹執行；
2.防范經營風險和道德風險；
3.保障客戶及證券公司資產的安全、完整；
4.保證證券公司業務記錄、財務信息和其他信息的可靠、完整、及時；
5.提高證券公司經營效率和效果。
（二）完善內部控制機制的原則
證券公司內部控制應當貫徹健全、合理、制衡、獨立的原則，確保內部控制有效。
1.健全性。2.合理性。3.制衡性。4.獨立性。
（三）內部控制的主要內容
三、證券公司風險控制指標管理
（一）凈資本及其計算
根據新修訂的《證券公司風險監控指標管理辦法》規定，為了建立以凈資本為核心的風險控制指標體系，加強證券公司風險監管，證券公司應當按規定計算凈資本和風險資本準備，編制凈資本計算表、風險資本準備計算表和風險控制指標監管報表。
凈資本是指根據證券公司的業務范圍和公司資產負債的流動性特點，在凈資產的基礎上對資產負債等項目和有關業務進行風險調整后得出的綜合性風險控制指標。
凈資本基本計算公式為：
凈資本=凈資產-金融資產的風險調整-其他資產的風險調整-或有負債的風險調整-/+中國證監會認定或核準的其他調整項目
凈資本是假設證券公司的所有負債都同時到期，現有資產全部變現償付所有負債后的金額。
（二）風險控制指標標準
1.各項業務凈資本要求
證券公司經營證券經紀業務的，其凈資本不得低于人民幣2000萬元。
證券公司經營證券承銷與保薦、證券自營、證券資產管理、其他證券業務等業務之一的，其凈資本不得低于人民幣5000萬元。
證券公司經營證券經紀業務，同時經營證券承銷與保薦、證券自營、證券資產管理、其他證券業務等業務之一的，其凈資本不得低于人民幣l億元。
證券公司經營證券承銷與保薦、證券自營、證券資產管理、其他證券業務中兩項及兩項以上的，其凈資本不得低于人民幣2億元。
2.證券公司風險控制指標標準：
（1）凈資本與各項風險準備之和的比例不得低于100%；
（2）凈資本與凈資產的比例不得低于40%；
（3）凈資本與負債的比例不得低于8%；
（4）凈資產與負債的比例不得低于20%。
3.自營業務的風險控制指標規定
4.融資融券業務的風險指標規定
5.證券公司風險資本準備基準計算標準
（三）監管措施
1.證券公司凈資本或其他風險控制指標達到預警標準的，派出機構應當區別情形，對其采取下列措施：（1）向其出具監管關注函并抄送公司主要股東，要求公司說明潛在風險和控制措施；（2）要求公司采取措施調整業務規模和資產負債結構，提高凈資本水平；（3）要求公司進行重大業務決策時至少提前5個工作日報送專門報告，說明有關業務對公司財務狀況和凈資本等風險控制指標的影響；（4）責令公司合規部門增加對風險控制指標檢查的頻率，并提交有關風險控制指標水平的報告。
2.證券公司凈資本或其他風險控制指標不符合規定標準的，派出機構應當責令公司限期改正。整改期內，中國證監會及其派出機構應當區別情形對證券公司采取以下措施：（1）停止批準新業務；（2）停止批準增設、收購營業性分支機構；（3）限制分配紅利；（4）限制轉讓財產或在財產上設定其他權利。
3.證券公司未按期完成整改的，自整改期到期的次日起，派出機構應當區別情形，對其采取下列措施：（1）限制業務活動；（2）責令暫停部分業務；（3）限制向董事、監事、高級管理人員支付報酬、提供福利； （4）責令更換董事、監事、高級管理人員或者限制其權利；（5）責令控股股東轉讓股權或者限制有關股東行使股東權利；（6）認定董事、監事、高級管理人員為不適當人選。
4.證券公司未按期完成整改，風險控制指標情況繼續惡化，嚴重危及該證券公司穩健運行的，中國證監會可以撤銷其有關業務許可。
5.證券公司風險控制指標無法達標，嚴重危害證券市場秩序、損害投資者利益的，中國證監會可以區別情形，對其采取下列措施（1）責令停業整頓；（2）指定其他機構托管、接管；（3）撤銷經營證券業務許可；（4）撤銷。
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