第十六條　工程竣工驗收合格，應當按照下列規定進行竣工結算： 
　　（一）承包方應當在工程竣工驗收合格后的約定期限內提交竣工結算文件。 
　　（二）發包方應當在收到竣工結算文件后的約定期限內予以答復。逾期未答復的，竣工結算文件視為已被認可。 
　　（三）發包方對竣工結算文件有異議的，應當在答復期內向承包方提出，并可以在提出之日起的約定期限內與承包方協商。 
　　（四）發包方在協商期內未與承包方協商或者經協商未能與承包方達成協議的，應當委托工程造價咨詢單位進行竣工結算審核。 
　　（五）發包方應當在協商期滿后的約定期限內向承包方提出工程造價咨詢單位出具的竣工結算審核意見。 
　　發承包雙方在合同中對上述事項的期限沒有明確約定的，可認為其約定期限均為28日。 
　　發承包雙方對工程造價咨詢單位出具的竣工結算審核意見仍有異議的，在接到該審核意見后一個月內可以向縣級以上地方人民政府建設行政主管部門申請調解，調解不成的，可以依法申請仲裁或者向人民法院提起訴訟。 
工程竣工結算文件經發包方與承包方確認即應當作為工程決算的依據。 
　　二、工程款支付法律分析 
　　從以上法律可知： 
　　（一）從立法角度來看， 
　　1、建設工程款的結算一般由當事人根據國家工程計價辦法等規定進行約定，一旦約定結算方法與結算原則，應該嚴格按照合同約定執行，對合同沒有約定的，可以參照國家或者地方計價方法進行結算； 
　　2、當事人對部分工程款結算已經雙方確認的，不得因一方當事人的反悔而對確認部分的工程進行重新估價或鑒定； 
　　對雙方未確認的部分，可以由雙方當事人共同委托工程造價審計機構進行審計。但審計的原則是，合同有約定工程款計算方法的，應該按照合同約定原則進行審計，充分尊重當事人的意思自治，合同未有約定計算方法的項目，則可參照國家或地方工程計價標準結算； 
　　3、對于發包方因設計變更或者其他因素而導致的工程量增加部分工程款結算，合同有約定結算方法的，從約定，未約定的，當事人可以根據國家或者地方工程計價辦法進行結算，達不成一致意見的，可申請鑒定確定，或尋求建設部門調解，或直接起訴。 
　　4、對于陰陽合同,即當事人通過當事人在建設局備案的合同價款(陽合同)與代表當事人真實意思表示和建設施工合同(陰合同)，工程款結算按備案合同(陽合同)進行結算； 
　　5、結算工程款的程序：工程竣工驗收后，先由承包方提交結算文件，發包方必須在約定時間內（未約定則在28天內）對結算文件進行答復，否則視為認可承包方的結算文件，若有爭議，則協商，協商不成，由發包方或者雙方共同委托中介機構進行造價鑒定，若對造價結果有異議，則請求建設局調解或者直接起訴； 
　　6、支付工程款的時間，合同有約定的，從約定，無約定的，對尚未交付的工程，提交竣工結算文件之日為應付款時間，已交付的，交付之日為應付款時間，既未交付、也未結算的，起訴之日為應支付工程款時間； 
　　7、 遲延支付工程款的，應該支付利息，利息有約定的，從約定，沒有約定的，按照銀行同期貸款利息計算遲延支付利息；當然，遲延支付工程款的，可能會導致承擔違約金、賠償承包人窩工、停工損失、承包人解除合同等違約責任。 
　　8、發包人未付工程款的，承包人對其所承包的工程享有法定優先權，該優先權優于抵押權等意定性優先權和其他債權。 
　　（二）司法實踐中不盡人意的地方： 
　　參考很多建筑工程工程款結算案例，當前,很多地方法院出于地方保護主義等案外因素，在工程款結算中，很多案例并不尊重當事人的合同約定、甚至對雙方已經達成的結算協議書所確認的工程款都不予以考慮，法院經常委托中介鑒定機構對工程價進行審計，而且，往往根據審計價格進行判決。