答案：

1．合營企業協議中，有以下內容不合法：

(1)注冊資本占投資總額的比例不正確，注冊資本應占投資總額的1／2以上，注冊資本不應少于450萬美元。

(2)注冊資本中外方出資的比例不合法，外方認繳出資額只占注冊資本的15％(60÷400)；法律規定，中外合資經營企業中，外方的出資比例不應低于注冊資本的25％。

(3)出資時間的規定錯誤，各方合營者應伺期、同步、按比例交付出資．第一期的出資時間和比例錯誤。分期出資的，合營各方第一期出資不得低于各自認繳出資額的15％，并且自營業執照頒發之日起3個月內交清。外方最后一期出資的時間不正確，法律規定，合營企業注冊資本為300萬～1000萬美元，在分期出資情況下，各方投資者的最后一期出資必須自營業執照簽發之日起3年內繳清。

2．對爭議的解決，應按中外合資經營企業法的規定處理。

(1)外方私自向第三方轉讓出資錯誤。法律規定，合營一方向第三方轉讓其全部或部分出資的，須經合營他方同意，并報審批機構批準，向登記機關辦理變更登記手續。

(2)外方關于合營企業不設總會計師的觀點錯誤，合營企業應設總會計師，協助總經理負責企業的財務會計工作。

(3)此次董事會無效。因為必須有1／3以上的董事提議，方能召開臨時董事會；且應有2／3以上的董事出席會議．合營企業修改公司章程須經出席會議的董事一致通過方為有效。在以上方面，此次會議均未達到法定的比例標準要求。另外，董事會會議的簽字手續錯誤。公司法規定，應經出席會議的董事及董事會秘書簽字后存檔，監事會主席無須簽字。

3．外方的要求中，以下方面錯誤

(1)外方擬定每年先行收回投資的支出部分計入合作企業成本錯誤。外方合作者只有在合作企業的虧損彌補后，方能收回投資。表明合作企業的外方合作者只能用企業利潤先行收回投資，而不能計入成本。

(2)合作期滿，固定資產歸中方投資者所有的處理方式錯誤。凡約定外方合作者在合作期內先行收回投資的，合作期滿后，合作企業的固定資產應無償歸中方投資者所有。

（三）甲有限責任公司以制造業為主，于2004年3月5日取得企業法人營業執照后，遇到一系列問題：

1、由于管理人員沒到位，公司未能正常經營，4月10日收到當地稅務機關通知責令其限期辦理稅務登記，公司認為尚未開展經營業務，無須納稅。被稅務機關處以2000元罰款，逾期仍未辦理納稅申報，稅務機關建議工商部門收回營業執照，無奈只好辦理稅務登記。

2．公司正常運轉，估計年銷售額將達到3000萬元，應符合增值稅一般納稅人標準，但不知道能否直接申請增值稅一般納稅人認定手續。

3．由于公司沒經營，暫將稅務登記證租給一個體工商戶使用2個月，獲租金3000元。

4．公司于2004年9月承接一項工程，其部分工程轉包給乙方經營，轉包經營額500萬元，稅務機關要求甲公司對該部分轉包工程款扣繳25萬元營業稅，并在10天內繳納，甲公司認為乙方也是具有獨立法人地位的公司，應由乙方交納，與甲公司無關，逾期仍未理睬。

5．到年底，該公司經理不知道是否該進行企業所得稅年度納稅申報，因為公司今年10月才開業．經營還不到一年。

6．甲公司擬與外商乙共同投資設立中外合資經營企業。投資總額3400萬美元，分期出資，甲公司控股20％。甲公司不知道自己何時交納第一期出資較好，第一期出資至少應交多少。