1．對小型商貿(mào)企業(yè)，主管稅務機關(guān)應根據(jù)約談和實地核查的情況對其限量限額發(fā)售專用發(fā)票，其增值稅防偽稅控開票系統(tǒng)最高開票限額不得超過l萬元。專用發(fā)票的領(lǐng)購實行按次限量控制，主管稅務機關(guān)可根據(jù)企業(yè)的實際年銷售額和經(jīng)營情況確定每次的專用發(fā)票供應數(shù)量，但每次發(fā)售專用發(fā)票數(shù)量不得超過25份。
2．對商貿(mào)零售企業(yè)和大中型商貿(mào)企業(yè)，主管稅務機關(guān)也應根據(jù)企業(yè)實際經(jīng)營情況對其限量限額發(fā)售專用發(fā)票，其增值稅防偽稅控開票系統(tǒng)最高開票限額由相關(guān)稅務機關(guān)按照現(xiàn)行規(guī)定審批。專用發(fā)票的領(lǐng)購也實行按次限量控制，主管稅務機關(guān)可根據(jù)企業(yè)的實際經(jīng)營情況確定每次的供應數(shù)量，但每次發(fā)售專用發(fā)票數(shù)越不得超過 25份。
3．企業(yè)按次領(lǐng)購數(shù)量不能滿足當月經(jīng)營需要的，可以再次領(lǐng)購，但每次增購前必須依據(jù)上一次已領(lǐng)購并開具的專用發(fā)票銷售額的4％向主管稅務機關(guān)預繳增值稅，未預繳增值稅稅款的企業(yè)，主管稅務機關(guān)不得向其增售專用發(fā)票。一
預繳的增值稅可在本期增值稅應納稅額中抵減，抵減后預繳增值稅仍有余額的，應于下期增購專用發(fā)票時，按次抵減。
(1)納稅人發(fā)生預繳稅款抵減的，應自行計算需抵減的稅款并向主管稅務機關(guān)提出抵減申請。
(2)主管稅務機關(guān)接到申請后，經(jīng)審核，納稅人繳稅和專用發(fā)票發(fā)售情況無誤，且納稅人預繳增值稅余額大于本次預繳增值稅的，不再預繳稅款可直接發(fā)售專用發(fā)票；納稅人本次預繳增值稅大于預繳增值稅余額的，應按差額部分預繳后再發(fā)售專用發(fā)票。
(3)主管稅務機關(guān)應在納稅人輔導期結(jié)束后的第一個月內(nèi)，一次性退還納稅人因增購專用發(fā)票發(fā)生的預繳增值稅余額。
4．對每月第一次領(lǐng)購的專用發(fā)票在月末尚未使用的，主管稅務機關(guān)在次月發(fā)售專用發(fā)票時，應當按照上月未使用專用發(fā)票份數(shù)相應核減其次月專用發(fā)票供應數(shù)量。
5．對每月最后一次領(lǐng)購的專用發(fā)票在月末尚未使用的，主管稅務機關(guān)在次月首次發(fā)售專用發(fā)票時，應當按照每次核定的數(shù)量與上月未使用專用發(fā)票份數(shù)相減后發(fā)售差額部分。
6．在輔導期內(nèi)，商貿(mào)企業(yè)取得的專用發(fā)票抵扣聯(lián)、海關(guān)進口增值稅專用繳款書和廢舊物資普通發(fā)票以及貨物運輸發(fā)票要在交叉稽核比對無誤后，方可予以抵扣。
7．企業(yè)在次月進行納稅申報時，按照一般納稅人計算應納稅額方法計算申報增值稅。如預繳增值稅稅額超過應納稅額的，經(jīng)主管稅務機關(guān)評估核實無誤，多繳稅款可在下期應納稅額中抵減。
(四)轉(zhuǎn)為正常一般納稅人的審批及管理
1．轉(zhuǎn)為正常一般納稅人的審批。
納稅輔導期達到6個月后主管稅務機關(guān)應對商貿(mào)企業(yè)進行全面審查，對同時符合以下條件的，可認定為正式一般納稅人。
(1)納稅評估的結(jié)論正常；
(2)約談、實地查驗的結(jié)果正常；
(3)企業(yè)申報、繳納稅款正常；
(4)企業(yè)能夠準確核算進項、銷項稅額，并正確取得和開具專用發(fā)票和其他合法的進項稅額抵扣憑證。
凡不符合上述條件之一的商貿(mào)企業(yè)，主管稅務機關(guān)可延長其納稅輔導期或者取消其一般納稅人資格。
2．轉(zhuǎn)為正常一般納稅人的管理。
商貿(mào)企業(yè)結(jié)束輔導期轉(zhuǎn)為正式一般納稅人后，原則上其增值稅防偽稅控開票系統(tǒng)最高限額不得超過l萬元，對輔導期內(nèi)實際銷售額在300萬元以上、并且足額繳納了稅款的，經(jīng)審核批準，可開具金額在10萬元以下的專用發(fā)票。對于只開具金額在1萬元以下專用發(fā)票的小型商貿(mào)企業(yè)，如有大宗貨物交易，可憑國家公證部門公證的貨物交易合同，經(jīng)主管稅務機關(guān)審核同意，適量開具金額在l0萬元以下專用發(fā)票，以滿足該宗交易的需要。
大中型商貿(mào)企業(yè)結(jié)束輔導期轉(zhuǎn)為正式一般納稅人后，其增值稅防偽稅控開票系統(tǒng)最高限額由相關(guān)稅務機關(guān)根據(jù)企業(yè)實際經(jīng)營情況按照現(xiàn)行規(guī)定審核批準。
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