1.組織、領導、參加恐怖組織，并利用該組織實施殺人、爆炸、綁架等犯罪的，以組織、領導、參加恐怖組織罪與該具體的故意殺人、爆炸、綁架等罪實行并罰（見120條第2款）。
2.實施第140至148條的生產、銷售偽劣商品以及假藥等特定的偽劣產品犯罪行為，同時又以暴力、威脅方法抗拒查處的，實行數罪并罰。
3.走私犯罪并以暴力、威脅的方法抗拒緝私的，以具體的走私犯罪（如走私普通貨物、物品罪、走私珍貴文物罪）與妨害公務罪實行并罰（見157條第2款）。但要注意第157條第2款所規定的走私犯罪是不包括走私毒品罪在內的，因為根據第347條規定，在走私毒品的犯罪過程中以暴力抗拒檢查、拘留、逮捕，情節嚴重的，直接以走私毒品罪的加重情形對待。
4.保險詐騙行為與故意造成財產損毀、被保險人死亡、殘疾或疾病等保險事故的行為：故意制造保險事故的行為本身又觸犯其他罪名如放火罪、故意傷害罪、故意殺人罪等的情形下，應以保險詐騙罪與該具體之罪實行并罰。
5.收買被拐買的婦女、兒童之中或之后又非法剝奪限制人身自由、傷害、強奸、猥褻、侮辱行為的，數罪并罰，即以非法拘禁罪、故意傷害罪、強奸罪、強制猥褻侮辱婦女罪、侮辱罪與收買被拐賣的婦女兒童罪實行數罪并罰；但之后產生出賣目的進而出賣構成拐賣婦女兒童罪的，其中強奸、非法拘禁行為等能夠被評價在拐賣婦女、兒童罪中的犯罪行為不再并罰。
6.行為人長期虐待被害人，情節惡劣，但最后一次實施了傷害行為，造成被害人重傷，這種致人重傷的行為已經超出了虐待罪的范圍。對此，應認定為虐待罪與故意傷害罪。
7.行為人將一名趕路的婦女攔住，并將其打昏，拖到路旁樹林，脫掉該女的衣褲，正欲行奸時，發現其正值月經期，便不再實施奸淫行為。行為人想到“劃不來”，于是趁婦女昏迷，將其手表和手提包竊走。其行為成立強奸罪中止與盜竊罪既遂，數罪并罰。
8.行為人將一名趕路的婦女攔住，并將其打昏，拖到路旁樹林，脫掉該女的衣褲，正欲行奸時，發現其正值月經期，便不再實施奸淫行為。行為人想到“劃不來”，于是趁婦女昏迷，將其手表和手提包竊走。其行為成立強奸罪中止與盜竊罪既遂。
9.為實施其他犯罪（盜竊罪之外）而偷開機動車輛作為犯罪工具并將機動車輛據為己有或丟失的，以盜竊罪與所實施的其他犯罪實行并罰。
10.組織、領導、參加黑社會性質組織、或者入境發展黑社會組織，并利用該組織而犯其他罪行的，實行并罰。
11.組織他人偷越國邊境，并對被組織人有殺害、傷害、強奸、拐賣等犯罪行為的，或對檢查人員有殺害、傷害等罪行的，超出了組織他人偷越國（邊）境罪的范圍，實行并罰（見318條第2款）。
12.運送他人偷越國邊境，并對被運送人有殺害、傷害、強奸、拐賣等犯罪行為的，或對檢查人員有殺害、傷害等罪行的，超出了運送他人偷越國（邊）境罪的范圍，實行并罰（321條第3款）。
13.非法獵捕、殺害珍貴、瀕危野生動物罪、非法收購、運輸、出售珍貴、瀕危野生動物、珍貴、瀕危野生動物制品罪、非法狩獵罪，同時又以暴力、威脅方法抗拒查處的，以第341條之罪與妨害公務罪等實行并罰。
14.挪用公款進行非法活動構成其他犯罪的，或者因挪用公款而索取、收受賄賂構成犯罪的，實行并罰。
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