由于合同糾紛案件既涉及合同糾紛案件的協議管轄問題，也涉及合同糾紛案件的法定管轄問題。確定合同糾紛案件的管轄法院時需注意以下問題：

　　（1）有效協議管轄約定優先于法定管轄適用。這也就是說，在確定合同糾紛案件的管轄時，首先應當看雙方當事人之間有無協議管轄的約定以及該協議管轄的約定是否有效。協議管轄有效需符合以下條件：
　　①協議管轄只適用于合同糾紛案件，而且特殊地域管轄中的因保險合同引起的糾紛與因運輸合同引起的糾紛不適用協議管轄。
　　②只適用于一審的地域管轄。
　　③協議管轄必須采用書面形式。書面協議有三種形式，即合同中的條款、獨立的協議書及信函、電報、傳真、電子郵件等其他書面形式，口頭協議一律無效。
　　④只能在法律規定的范圍，即被告住所地、原告住所地、合同簽訂地、履行地、標的物所在地人民法院之中進行選擇，而且必須作出明確的、唯一的選擇。例如當事人雙方約定對于所發生的爭議，由原告住所地人民法院和合同履行地人民法院管轄，根據《民訴意見》第24條的規定，這類選擇兩個以上人民法院的協議，如果當事人無法達成補充協議，則該協議為無效協議。
　　⑤不得違反級別管轄和專屬管轄的規定。

　　（2）合同糾紛案件的法定管轄。如果雙方當事人之間不存在約定管轄的協議，或者雖然有約定，但該協議管轄無效時，則應當按照法定管轄確定具體合同糾紛案件的管轄權。具體應當分兩步確定：
　　①被告住所地法院一定有法定管轄權。
　　②合同履行地的確定。具體可以按照下列步驟進行：第一，看合同中是否有明確的關于履行地的約定，就買賣合同而言，該履行地也可以包括交貨地；如果沒有關于履行地(包括交貨地)的明確約定，則只能由被告住所地人民法院管轄。第二，看當事人約定的履行地與雙方當事人住所地的關系，即如果約定的履行地在其中一方住所地(不論該方作為原告，還是作為被告)，無論合同是否實際履行，該約定履行地人民法院一定對合同糾紛案件有管轄權。如果約定的履行地是雙方住所地以外的第三個地點，那么這個履行地法院有無管轄權，取決于合同的履行情況。合同實際履行了，則該法院有管轄權；合同沒有實際履行，則該法院沒有管轄權。第三，當事人在合同中明確約定了履行地點或交貨地點，但實際履行中以書面方式或雙方一致認可的其他方式變更約定的，以變更后的約定地點為合同履行地。
　　此外，在掌握合同糾紛案件的管轄確定時，還需注意主合同與擔保合同的問題。根據《最高人民法院關于適用〈中華人民共和國擔保法〉若干問題的解釋》第129條的規定，主合同和擔保合同發生糾紛提起訴訟的，應當根據主合同確定案件管轄。擔保人承擔連帶責任的擔保合同發生糾紛，債權人向擔保人主張權利的，應當由擔保人住所地的法院管轄。主合同與擔保合同選擇管轄的法院不一致的，應當根據主合同確定案件管轄。