長時期以來，行政機關在實施行政許可中存在的一個主要問題，就是違法實施行政許可，搞暗箱操作，有些行政機關甚至把行政許可作為權力尋租的一種手段，人為地造成個人或者組織在行政許可中的不公平競爭。一些企業和個人為了取得行政許可，還要托關系、給好處，助長了行政許可中腐敗現象的蔓延。在一定意義上，可以說行政許可已經成為一個腐敗源。行政許可實施中之所以存在腐敗現象，從內在原因上看，就是行政機關實施行政許可，只有權力，沒有責任，行政許可在一些行政機關及其工作人員心里，只是權力許可，沒有成為責任許可。從外在原因上看，就是缺乏一套對行政許可實施機關的健全、完善和有效監督機制。
對行政機關實施行政許可進行監督，主要有以下幾種方式：一是權力機關實施監督。但是，權力機關對行政機關實施行政許可的行為不適宜進行經常性的、具體性的監督檢查，否則就有干預行政權力的行使之嫌。二是人民法院的監督。但是，人民法院對行政機關實施行政許可的監督，也只能限于對具體訴訟案件的監督，而不適宜進行經常性的具體性的監督。三是平行的行政機關相互之間的監督，但平行的行政機關相互之間的監督，范圍比較有限，約束力也不夠強。四是群眾和當事人的監督。但群眾和當事人監督對行政機關的約束力也不夠強。除了上述監督方式之外，還有一種重要的監督方式，即上級行政機關的監督。與其他幾種監督方式相比，上級行政機關對下級行政機關實施行政許可的監督，是更重要、更日常、更具體和更實際有效的監督。上級行政機關監督檢查的這一特點是由我國行政機關上下級之間的領導體制決定的，對此下一個問題將述及。
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