第一，撤銷行政許可可能對公共利益造成重大損害的，應當不予撤銷。撤銷行政許可，就意味著被許可人從事許可事項的生產經營等活動應當隨之停止，否則，其行為即構成違法。通常說來，對于有違法情形的行政許可，行政機關應當予以撤銷，并責令被許可人立即停止從事行政許可事項的生產經營等活動，這既是保證行政機關依法行政的需要，也是讓有違法行為的被許可人承擔法律責任的需要。但是，有些行政許可的事項比如大型的道路建設、橋梁建設等事項，與公共利益密切相關。對于這些行政許可事項，行政機關作出行政許可的決定后，被許可人可能很快就開始了生產經營等活動，而行政機關一旦發現行政許可中的違法情形，即可以對行政許可予以撤銷。但行政許可一旦被撤銷，就意味著被許可人從事行政許可事項的生產經營等活動應當立即停止，就有可能導致公共利益的重大損失。在此情況下，行政許可即使有違法的情況，上級行政機關就不應當撤銷。上級行政機關不予撤銷行政許可，但可以要求被許可人補齊相關的許可手續，特別是要加強對其生產建設等活動質量的監督檢查，并對有違法行為的作出行政許可決定的行政機關及其工作人員作出相應的處分。
這里需要注意的是，雖然法律規定，被許可人以欺騙、賄賂等不正當手段取得行政許可的，應當予以撤銷其行政許可，但是，即使遇到被許可人以欺騙、賄賂等不正當手段取得行政許可，應當撤銷其行政許可的情形，如果撤銷行政許可可能對公共利益造成重大損害的，也不應當予以撤銷。
第二，行政許可雖然具有違法因素，但是，被許可人沒有采取欺騙、賄賂等不正當手段取得行政許可的行為，并且其基于行政許可所取得的利益明顯大于撤銷行政許可所要維護的公共利益，行政機關就不應當撤銷行政許可。這是貫徹行政管理活動中比例原則的要求。
第三，行政許可雖然具有違法的因素，但是，作出行政許可決定的行政機關或者其上級行政機關，應當在知道撤銷的情形之后一定的期限內撤銷行政許可，超過了這期限就不應當再予以撤銷。這是保持行政法律關系相對穩定以及保護行政相對人權利的需要。
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