實施行政許可應當遵守法定的程序，將遵循法定程序作為實施行政許可的一項重要原則。依據這一原則，本法對普通行政許可實施中的申請與受理、審查與決定、期限、聽證、變更與延續程序，對行政許可特別程序中的適用規則、特許程序、認可程序、核準程序、登記程序以及相關的特別規定等等，都作出了一系列詳細規定。其他的有關法律、行政法規對一些專門行業的行政許可程序也作出了專門規定。這些程序方面的規定都是保證行政機關最后正確作出行政許可決定的重要條件，是行政機關及其工作人員具體實施行政許可時的工作依據。行政機關實施行政許可時違反法定程序，違反法定程序作出準予行政許可的決定，其正確性就很有可能受到影響。比如，依據本法的有關規定，建設行政主管部門或者環境保護行政主管部門等行政機關在對申請人的大型建筑物建設申請實施行政許可時，應當告知與建筑物的建設有重大利益關系的利害關系人具有要求聽證的權利，如果行政機關沒有告知利害關系人具有這一權利，在作出準予行政許可決定時，就有可能忽視和損害建筑物周圍利害關系人的權利，從而影響建筑許可決定的正確性。因此，作出行政許可決定的機關，違反法定程序，影響到行政許可正確性的，該行政機關或者其上級行政機關可以撤銷行政許可。
實踐中，如果行政機關在實施行政許可的過程中，違反了法定程序但沒有影響到行政許可正確性的，一般說來則不必撤銷。這主要是考慮到提高行政管理效率和保護被許可人合法權益的需要。比如，在上述建筑許可的申請中，行政機關沒有告知利害關系人有要求聽證的權利，也沒有舉行聽證，但在作出準予建筑許可決定時充分考慮了利害關系人的利益，沒有影響到行政許可的正確性，所以就不必撤銷該行政許可。行政機關作出行政許可決定違反法定程序固然有責任，應當撤銷行政許可，但基于提高行政管理效率和保護被許可人合法權益的需要，只要沒有影響到行政許可決定的正確性，還是不予撤銷為宜。
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