所謂司法賠償義務機關，是指在國家賠償中代表國家接受賠償請求、具體承擔賠償義務、并支付賠償費用的國家機關。
（二）司法賠償義務機關的確認
行使國家偵查、檢察、審判、看守所、監獄管理機關及其工作人員在行使職權時侵犯公民、法人或其他組織的合法權益造成損害的，該機關為賠償義務機關。
人民法院在民事、行政訴訟過程中，違法采取對妨害訴訟的強制措施、保全措施或者對判決、裁定及其他生效法律文書執行錯誤造成損害的，可以認定侵權的人民法院和侵權的法院工作人員所在的人們法院為賠償義務機關。
1.對沒有犯罪事實或者沒有事實證明有犯罪重大嫌疑的人違法拘留的，作出拘留決定的機關為賠償義務機關。在刑事訴訟中行使偵查權的機關有公安機關、國家安全機關、軍隊保衛部門以及檢察機關，上述機關在偵查犯罪的過程中都有權作出拘留決定。
此外，檢察機關對于其自行偵查的案件，在偵查過程中不作出拘留決定，而是請求公安機關以行政強制措施限制受害人人身自由的，該公安機關不是賠償義務機關，其應檢察機關的請求采取的行政強制措施應被視為檢察機關作出的違法拘留決定，檢察機關是賠償義務機關。
2.對沒有犯罪事實的人錯誤逮捕的，作出逮捕決定的機關為賠償義務機關。
若人民法院對沒有犯罪事實的人錯誤逮捕的，在自訴案件中人民法院為賠償義務機關。
若檢察機關錯誤批準逮捕或者在其自行偵查的案件中錯誤決定逮捕的，檢察機關為賠償義務機關。無論在何種情形下，執行逮捕的公安機關均不是賠償義務機關。而且，在檢察機關錯誤批準逮捕的案件中，最終侵害受害人的決定是由檢察機關作出的，依賠償義務機關的后置確定原則，公安機關亦不對此前錯誤拘留造成的侵害承擔賠償義務。即無論是在一審判決無罪，還是二審改判無罪，作出錯誤逮捕決定的機關均為賠償義務機關，但此前作出拘留決定的機關都不是賠償義務機關。
3.再審改判無罪的，作出原生效判決的人民法院為賠償義務機關。
原一審人民法院作出判決后，被告人沒有上訴，人民檢察院沒有抗訴，判決發生法律效力的，原一審人民法院為賠償義務機關。被告人上訴或人民檢察院抗訴，原二審人民法院維持一審判決或者對一審人民法院判決予以改判的，原二審人民法院為賠償義務機關。
4.二審改判無罪的，作出一審判決的人民法院是賠償義務機關。包括：一審人民法院判決有罪，二審人民法院發回重審后，一審人民法院改判無罪，或者人民檢察院要求撤回起訴，人民法院裁定準許撤訴后，人民檢察院作出不起訴決定或者撤銷案件決定的，一審人民法院是賠償義務機關。
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